Condor的沙盒R（在Linux上）

我的大学运行一个condor计算网格（计算节点运行Linux），我想用它在R中运行模拟。问题是网格上只有一些机器安装了R。到目前为止，我看到了两个选项，但我不知道如何实现这两个选项，因此我希望您能帮助我（请记住，我不是系统管理员，也不能对计算节点的设置做太多更改）：

1） 在与我的condor submit文件一起出现的类广告中打勾，要求在具有

/usr/bin/R

的节点上计算作业

2） 将R及其所有依赖项打包到一个自包含的目录中，该目录可以发送到计算节点，并且可以针对该目录运行我的模拟。我已经尝试了几个小时，但是Linux版本的R（不同于OSX和Windows版本）似乎是针对分布在文件系统中的库运行的，我想不出一种实用的方法来将它们全部收集到一个R可以找到它们的位置

有什么想法吗？

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提前谢谢。

哇，好吧，这比我想象的要难。让我们从建议的解决方案（2）开始：

在hadley的建议下，我曾经将R安装到一个已知的本地目录（也用于构建R-2.15.2）。不幸的是，这个本地安装仍然依赖于来自

/usr/lib

等位置的系统范围的库

MvG建议将本地R安装从中拉出。这个方法附带了所有必要的系统库的本地副本，对于大多数面临我这种情况的人来说可能是一种可行的方法。但是，我的

R

代码依赖于一些仅与

R

=2.15兼容的

R

软件包

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因此，我从sage的

lib

目录中获取了所有库，并将它们从Renv复制到R-2.15.2安装中。这本来是可行的，但我所在大学的condor网格上的一些机器肯定有一个奇怪的体系结构，因为大约十分之一的工作返回时出现了与尝试使用错误版本的

libc.so

相关的错误。此时，我放弃了提议的解决方案（2），转而使用提议的解决方案（1）。

最终对我有效的是提议的解决方案（1）。这里我将讨论如何在condor提交文件和worker shell脚本中实现（1）

这是shell脚本。重要的更改是通过：

if[-f/usr/bin/R]

检查计算节点上是否安装了R。如果找到R，我们沿着返回值为0的路径前进。如果未找到R，则返回1（这是行

exit 0

和

exit 1

的含义）

现在，秃鹰提交文件。关键的变化是倒数第二行（

on_exit_remove=（ExitBySignal==False）和&（ExitCode==0）

）。它检查来自计算节点的每个作业的返回值-如果返回值不为零（即，如果在计算节点上未找到R），则将作业放回队列以重新运行。否则，作业将被视为已完成并从队列中删除

universe = vanilla
log = logs/log_$(Cluster)_$(Process).log
error = logs/err_$(Cluster)_$(Process).err
output = logs/out_$(Cluster)_$(Process).out
executable = condor/worker.sh
arguments = $(Cluster) $(Process)
requirements = (Target.OpSys=="LINUX" && regexp("stat", Machine))
should_transfer_files = YES
when_to_transfer_output = ON_EXIT_OR_EVICT
transfer_input_files = code, R-libs, condor, seeds.csv
transfer_output_files = output
notification = Never
on_exit_remove = (ExitBySignal == False) && (ExitCode == 0)
queue 1800

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对于2，可能有助于以路径独立的方式将bundle R（以及其他许多bundle）打包。也许你可以看看他们是怎么做的。在许多情况下，将

LD_LIBRARY_PATH

导出到库所在的目录就足够了。谢谢你们两位@MvG：我不知道sage捆绑包R-也许我可以通过将sage发送到计算节点来利用它。您可以使用install.packages（lib.loc=）和lib.loc=）强制安装/从特定目录加载包

universe = vanilla
log = logs/log_$(Cluster)_$(Process).log
error = logs/err_$(Cluster)_$(Process).err
output = logs/out_$(Cluster)_$(Process).out
executable = condor/worker.sh
arguments = $(Cluster) $(Process)
requirements = (Target.OpSys=="LINUX" && regexp("stat", Machine))
should_transfer_files = YES
when_to_transfer_output = ON_EXIT_OR_EVICT
transfer_input_files = code, R-libs, condor, seeds.csv
transfer_output_files = output
notification = Never
on_exit_remove = (ExitBySignal == False) && (ExitCode == 0)
queue 1800