Linux IO阻塞进程在'；顶部'；输出？

我有一个可以在不同数量的进程上并行化的分析。预计事情将是IO和CPU密集型的（如果有人好奇的话，非常高的吞吐量短读DNA对齐）

运行此服务器的系统是一个48核的linux服务器

问题是如何确定最佳进程数，以使总吞吐量最大化。在某一点上，流程可能会受到IO限制，因此添加更多的流程既没有好处，也可能有害

我能从标准系统监控工具中判断何时达到该点吗？

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top（或者可能是另一个工具）的输出是否能让我区分IO绑定进程和CPU绑定进程？我怀疑IO上阻塞的进程可能仍会显示100%的CPU利用率。

您可以使用iostat和vmstat等工具来显示阻塞的进程在I/O上花费了多少时间。添加超出您需要的进程通常没有害处，但好处会减少。您应该衡量吞吐量与流程，作为总体效率的衡量。

当一个流程在IO上被阻塞时，它没有运行，因此不考虑时间。如果有另一个进程可以运行，那么它将运行；如果没有，则将时间计为“IO等待”，这是一个全局统计

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IO等待将是一个有用的监视对象。它显示在顶部的标题中，类似于%iw。您可以使用iostat和vmstat等工具对其进行更详细的监控。Serverfault可能是一个更好的询问问题的地方。

即使是单个IO绑定的进程也很少显示高CPU利用率，因为操作系统已经安排了其IO，并且通常只是等待它完成。因此top无法准确区分IO绑定进程和仅定期使用CPU的非IO绑定进程。事实上，一个被所有IO绑定的进程严重超载、几乎无法完成任何事情的系统可能会表现出非常低的CPU利用率

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仅使用top作为第一步，您实际上只需不断添加线程/进程，直到CPU利用率降低，以确定给定机器的近似配置。

通常，非阻塞线程的数量应等于处理器的数量。您是否可以使用非阻塞IO？如果您能将其应用到您的体系结构中，它可能会简化事情。