在linux上为tophat安装PThread

是tophat所需的程序。我需要这个程序来绘制参考基因组的数百个微读数。Bowtie做映射部分，这需要很多CPU。在bowtie的手册中，有一个多线程的选项，但是需要安装库PThread

我从下载了PThread。将其解压缩到我的程序文件夹中，打开一个shell并位于该目录中。当输入命令“make”时，我得到了这个错误，我不知道如何解决这个问题

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if/bin/sh./libtool--tag=CXX--mode=compile g++-DHAVE_CONFIG_H-I-I-I-Wall-g-O2-MT PThreadRun.lo-MD-MP-MF.deps/PThreadRun.Tpo“-c-o PThreadRun.lo PThreadRun.cpp\

然后mv-f“.deps/PThreadRun.Tpo”.deps/PThreadRun.Plo”；else rm-f“.deps/PThreadRun.Tpo”；出口1；fi

g++-DHAVE_CONFIG_H-I-I-I-Wall-g-O2-MT PThreadRun.lo-MD-MP-MF.deps/PThreadRun.Tpo-c PThreadRun.cpp-fPIC-DPIC-o.libs/PThreadRun.o PThreadRun.cpp:在成员函数“pthread_t PThreadRun:：start（）”中：

PThreadRun.cpp:28:38:错误：“重定向PThreadRun”未在此作用域中声明

make:[PThreadRun.lo]错误1

make:离开目录“/install\u dir”

make:[all recursive]错误1

make:离开目录“/install\u dir”

make:[全部]错误2

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有人知道如何解决这个问题吗？

您需要先运行configure。按照安装说明：

这些是一般安装说明

configure”shell脚本尝试猜测
编译期间使用的各种系统因变量。它使用
这些值将在包的每个目录中创建一个

Makefile'。 它还可以创建一个或多个

.h'文件，其中包含依赖于系统的
定义。最后，它创建一个shell脚本

config.status'，该脚本 您可以在将来运行以重新创建当前配置，以及 包含编译器输出的文件

config.log'（主要用于
调试

configure'）

它还可以使用可选文件（通常称为

config.cache'
并通过

--cache file=config.cache'或简单的`-C'）启用 保存其测试结果以加快重新配置。（缓存是 默认情况下禁用，以防止意外使用stale时出现问题 缓存文件。）

如果您需要做一些不寻常的事情来编译包，请尝试 要了解

configure'如何检查是否执行这些操作，请发送邮件
与

README'中给出的地址的差异或说明，以便 将在下一版本中考虑。如果您正在使用缓存，并且 有时，“config.cache”包含您不想保留的结果， 您可以删除或编辑它

文件

configure.ac'（或
configure.in'）用于创建
通过名为
autoconf'的程序进行配置。你只需要
configure.ac'如果要更改或重新生成它
configure'
使用较新版本的“autoconf”

编译此包的最简单方法是：

cd'到包含包的源代码和类型的目录
/configure'为您的系统配置软件包。如果你是
在旧版本的SystemV上使用
csh'，您可能需要键入
sh./configure'改为阻止
csh'尝试执行
configure'本身

运行“配置”需要一段时间。在运行时，它会打印一些
告知正在检查哪些功能的消息

键入“make”编译包

（可选）键入“进行检查”以运行随附的任何自检
包裹

键入“make install”以安装程序和任何数据文件以及
文件

您可以从中删除程序二进制文件和对象文件
通过键入
makeclean'来清除源代码目录。还要删除
创建了
configure'的文件（因此您可以为
另一种计算机），键入
makedistclean'。有
还有一个
makemaintenancerclean“目标，但主要是
对于包的开发人员。如果你使用它，你可能需要
各种各样的其他程序，以便重新生成文件
与分布

您需要先运行configure。按照安装说明：

这些是一般安装说明

configure”shell脚本尝试猜测
编译期间使用的各种系统因变量。它使用
这些值将在包的每个目录中创建一个
Makefile'。
它还可以创建一个或多个
.h'文件，其中包含依赖于系统的
定义。最后，它创建一个shell脚本
config.status'，该脚本
您可以在将来运行以重新创建当前配置，以及
包含编译器输出的文件
config.log'（主要用于
调试
configure'）

它还可以使用可选文件（通常称为
config.cache'
并通过
--cache file=config.cache'或简单的`-C'）启用
保存其测试结果以加快重新配置。（缓存是
默认情况下禁用，以防止意外使用stale时出现问题
缓存文件。）

如果您需要做一些不寻常的事情来编译包，请尝试
要了解
configure'如何检查是否执行这些操作，请发送邮件
与
README'中给出的地址的差异或说明，以便
将在下一版本中考虑。如果您正在使用缓存，并且
有时，“config.cache”包含您不想保留的结果，
您可以删除或编辑它

文件
configure.ac'（或
configure.in'）用于创建
configure'由p