Loops Python使用for循环计算核苷酸

我试图从输入文件中提取DNA序列，并使用循环计数单个A、T、C和G的数量，如果存在非“ATCG”字母，我需要打印“错误”，例如，我的输入文件是：

序号1 AAAGCGT 序号2 aa-tGcGt 序号3 af-GtgA-cCTg

我想到的代码是：

acount = 0
ccount = 0
gcount = 0
tcount = 0
for line in input:
         line=line.strip('\n')
         if line[0] == ">":
                print line + "\n"
                output.write(line+"\n")
         else:
                line=line.upper()
                list=line.split()
                for list in line:

                        if list == "A":
                                acount = acount +
                                #print acount
                        elif list == "C":
                                ccount = ccount +
                                #print ccount 

                        elif list == "T":
                                tcount = tcount +
                                #print tcount 
                        elif list == "G":
                                gcount=gcount +1
                                #print gcount 
                        elif list != 'A'or 'T' or 'G' or 'C':
                                break

所以我需要得到每一行的总数，但是我的代码给出了整个文件的A's T's等的总数。我希望我的输出像这样

序号1： 总A分：3分 C类总计： 对于每个序列，依此类推

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关于如何修复代码以实现这一点，我有什么想法吗？

我建议如下：

import re

def countNucleotides(filePath):
    aCount = []
    gCount = []
    cCount = []
    tCount = []
    with open(filePath, 'rb') as data:
        for line in data:
            if not re.match(r'[agctAGCT]+',line):
                break
            aCount.append(notCount(line,'a'))
            gCount.append(notCount(line,'g'))
            cCount.append(notCount(line,'c'))
            tCount.append(notCount(line,'t'))

def notCount(line, character):
    appearances = 0
    for item in line:
        if item == character:
            appearances += 1
    return appearances

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之后，您可以随意打印它们。

在循环迭代的每个

开始时重置
a帐户。
我喜欢这里的@Slater Tyranus，唯一的问题是（如果您不知道的话）这是学校的作业，如果我使用.count函数，我会得到分数。如果问题是家庭作业，请使用家庭作业标签。堆栈溢出不是真正的家庭作业，但我将更新问题，使其不使用count函数。