Macos 如何纠正安装袖扣和增压器时出现的问题？

我在安装时遇到问题。在安装袖扣之前，我首先使用以下工具安装了Boost：

bjam --prefix=/Users/jimmy/Downloads/boost_1_46_1/ toolset=gcc link=static install

看起来还可以

但是，在安装袖扣时，Boost的安装似乎存在问题。请参见下面的错误：

checking for python script directory... ${prefix}/lib/python2.7/site-packages
checking for python extension module directory... ${exec_prefix}/lib/python2.7/site-packages
checking for boostlib >= 1.38.0... configure: error: We could not detect the boost libraries (version 1.38 or higher). If you have a staged boost library (still not installed) please specify $BOOST_ROOT in your environment and do not give a PATH to --with-boost option.  If you are sure you have boost installed, then check your version number looking in <boost/version.hpp>. See http://randspringer.de/boost for more documentation.
dhcp128036164110:cufflinks-1.0.3 jimmy$ ./configure --prefix=/Users/jimmy/Downloads/ --with-boost=/Users/jimmy/Downloads/boost_1_46_1/

正在检查python脚本目录${prefix}/lib/python2.7/site-packages
正在检查python扩展模块目录${exec_prefix}/lib/python2.7/site-packages
正在检查boostlib>=1.38.0。。。配置：错误：我们无法检测到boost库（1.38或更高版本）。如果您有一个分级的boost库（尚未安装），请在您的环境中指定$boost\u ROOT，并且不要提供到--with boost选项的路径。如果您确定已安装boost，请查看您的版本号。看见http://randspringer.de/boost 获取更多文档。
dhcp128036164110:cufflinks-1.0.3 jimmy$/配置--prefix=/Users/jimmy/Downloads/--with boost=/Users/jimmy/Downloads/boost_1_46_1/

如果我错过了什么，你能告诉我现在怎么了吗？谢谢

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PS：我使用的是Mac OS X（不是Windows）

以下是一个完整的过程，我用于在Linux Redhat 64位系统上从源代码安装袖扣，无需root权限

安装Boost

1.创建要安装到的目录

mkdir~/bin/boost\u 1\u 55\u 0

2.下载Boost

wgethttp://sourceforge.net/projects/boost/files/boost/1.55.0/boost_1_55_0.tar.gz

3.拆包增压

tarxzvf boost_1_55_0.tar.gz

4.切换到boost目录

cd boost\u 1\u 55\u 0

5.运行bootstrap.sh脚本

/bootstrap.sh

6.运行b2脚本

/b2

7.再次运行b2脚本以安装

/b2安装–前缀=/lustre/home/jernest1/bin/boost\u 1\u 55\u 0

8.将安装目录添加到~/.bashrc中的多个环境变量

将/lustre/home/jernest1/bin/boost_1_55_0/lib添加到LD_LIBRARY_路径
将/lustre/home/jernest1/boost_1_55_0添加到新变量boost_ROOT
将/lustre/home/jernest1/boost_1_55_0添加到新变量CPLUS_INCLUDE_PATH

9Source~/.bashrc

source.bashrc

安装SAM工具

1.下载sam工具

wgethttp://sourceforge.net/projects/samtools/files/samtools/0.1.17/samtools-0.1.17.tar.bz2

2.打开

tar jxvf samtools-0.1.17.tar.bz2

3.移动到samtools目录

cd-samtools-0.1.17

4.跑牌

make

5.创建新目录以放置sam库文件（如果它们不存在）

mkdir–p~/bin/lib

mkdir–p~/bin/include/bam

6.将libbam.a文件复制到~/bin/lib/

cp libbam.a~/bin/lib/

7.将头文件复制到~/bin/include/bam/

cp*.h~/bin/include/bam/

8.将samtools可执行程序复制到路径中的目录

cp samtools~/bin/

9将bam目录添加到~/.bashrc中的新变量bam_ROOT

安装特征库

1.下载特征库

wgethttp://bitbucket.org/eigen/eigen/get/3.2.3.tar.gz

2.打开

tar xzvf 3.2.3.tar.gz

3.进入本征目录

cd-eigen-eigen-36fd1ba04c12

4.将Eigen子目录复制到~/bin/include中/

cp-r eigen-eigen-36fd1ba04c12/eigen/~/bin/include/

安装袖扣

选项1：安装正式版本

1.创建一个目录来保存安装。

mkdir袖扣_2.2.1

2.进入那个目录

cd袖扣\u 2.2.1

3.下载袖扣

wgethttp://cole-trapnell-lab.github.io/cufflinks/assets/downloads/cufflinks-2.2.1.tar.gz

4.打开

tar xzvf袖扣-2.2.1.tar.gz

cd袖扣-2.2.1

5.运行配置脚本

/configure--prefix=/lustre/home/jernes1/cufflinks_2.2.1--with-eigen=/lustre/home/jernes1/eigen-36fd1ba04c12/eigen--bam=/lustre/home/jernes1/bin--with-boost=/lustre/home/jernes1/bin/boost_1_55_0

6.跑牌

make

7.运行makeinstall

make-install

或者，将~/cufflinks_2.2.1/bin/cufflinks复制到~/bin中/

选项2：从Github项目安装

1.生成要安装到的目录

mkdir袖扣\u 2014-12-11

2.进入那个目录

cd袖扣\u 2014-12-11

2.下载Github项目
单击“HTTPS克隆URL”按钮将URL位置保存到剪贴板

下载

git克隆https://github.com/cole-trapnell-lab/cufflinks.git

4.运行autogen.sh将configure.ac转换为configure

/autogen.sh

5.运行配置脚本

/configure--prefix=/lustre/home/jernes1/cufflinks_2014-12-11--with-eigen=/lustre/home/jernes1/eigen-36fd1ba04c12/eigen--bam=/lustre/home/jernes1/bin--with-boost=/lustre/home/jernes1/bin/boost_1_55_0

6.跑牌

make

7.运行makeinstall

make-install

---

（可选）将~/cufflinks\u 2014-12-11/bin/cufflinks复制到~/bin/

以下是一个完整的过程，我用于在Linux Redhat 64位系统上从源代码安装cufflinks，无需root权限

安装Boost

1.创建要安装到的目录

mkdir~/bin/boost\u 1\u 55\u 0

2.下载Boost

wgethttp://sourceforge.