Macros 带有bio格式的imagej/fiji宏处理

我正在尝试创建一个宏，该宏将在包含图像的文件中运行循环。要打开图像，我正在使用Bio Format importer，代码正在运行，但每次都会提示我选择文件中的图像。有没有办法让它自动在文件中运行？ 这是我下面的代码。。。任何帮助都将不胜感激

这些是我尝试过的一些其他格式，但仍然无法实现

run("Bio-Formats Importer", "open= + inputDirectory + fileList[i] color_mode=Default view=Hyperstack stack_order=XYCZT");

run("Bio-Formats Importer", "open(fileList) color_mode=Default rois_import=[ROI manager] split_channels view=Hyperstack stack_order=XYCZT");

run("Bio-Formats Importer", "open= + inputDirectory + fileList[i] color_mode=Default rois_import=[ROI manager] split_channels view=Hyperstack stack_order=XYCZT")

run("Bio-Formats", "open=" + fileList[i] " color_mode=Default  open_all_series rois_import=[ROI manager] split_channels view=Hyperstack stack_order=XYCZT");

run("Bio-Formats Importer", "open=["+fileList[i]+"] color_mode=Default view=Hyperstack stack_order=XYCZT series_"+d2s(j,0)); 


setBatchMode(true); 
inputDirectory = getDirectory("Choose a Directory of Image")

fileList = getFileList(inputDirectory);

for (i = 0; i < fileList.length; i++)
{
processImage(fileList[i]);
outputDirectory = "S:/Research/MLW/OUTPUT/";
outputFile = outputDirectory+fileList[i]+".csv";
saveAs("results",outputFile);
}

setBatchMode(false); 

function processImage(imageFile)
{
prevNumResults = nResults;  

run("Bio-Formats Macro Extensions"); 

run("Bio-Formats Importer", "open= + inputDirectory + fileList[i] color_mode=Default rois_import=[ROI manager] split_channels view=Hyperstack stack_order=XYCZT");  

   filename = getTitle();

run("Auto Threshold", "method=Yen white");
run("Skeletonize (2D/3D)");

run（“Bio Formats Importer”，“open=+inputDirectory+fileList[i]color\u mode=Default view=Hyperstack stack\u order=XYCZT”）；
运行（“生物格式导入器”，“打开（文件列表）颜色模式=默认rois\U导入=[ROI管理器]分割\U通道视图=Hyperstack堆栈\u顺序=XYCZT”）；
运行（“Bio格式导入器”，“打开=+输入目录+文件列表[i]颜色\U模式=默认ROI\U导入=[ROI管理器]分割\U通道视图=Hyperstack堆栈\U顺序=XYCZT”）
运行（“Bio格式”、“打开=“+fileList[i]”颜色模式=默认打开所有系列ROI\u导入=[ROI管理器]分割通道视图=Hyperstack堆栈\u顺序=XYCZT”）；
运行（“Bio格式导入器”，“打开=[”+文件列表[i]+“]颜色模式=默认视图=Hyperstack堆栈顺序=XYCZT系列+d2s（j，0））；
setBatchMode（真）；
inputDirectory=getDirectory（“选择图像的目录”）
fileList=getFileList（inputDirectory）；
对于（i=0；i

这可能与将所有内容移动到setBatchMode函数中一样简单