Makefile 清除冗余文件

我有一个管道，在makefile的帮助下为我运行一些数据。 这个管道创建了大量我想要清理的冗余文件

我有一个makefile来运行管道。管道本身连接到许多其他makefiles。因此，我将此代码添加到管道chipcap.mk文件中：

.PHONY cleanintermediate    
cleanintermediate: $(CHIPCAP_OUTPUT)
        rm -rf $(SAMPLE)clipsync.trimsync.fastq
        rm -rf $(SAMPLE)clipsync.fastq
        rm -rf $(SAMPLE)clip.fastq
        rm -rf $(SAMPLE).fastq
        rm -rf $(SAMPLE).wig && $(RM) -rf $(SAMPLE).wig.idx
        rm -rf $(SAMPLE).sam

现在我像这样运行我的文件

make-f run\u samples.mk

此脚本将调用管道并开始分别运行所有样本。运行_samples.mk给管道的命令是：

all: pool1_negCTRL pool1R2R1 pool1SP1 pool2Posctrl pool2R2R2 pool2Input

getCommand = $(MAKE) -f /data/DIV5/SASC/project-064-ronald-svdz/analysis/pipelines/chipcap/chipcap.mk \
        IN_DIR=/data/DIV5/SASC/project-064-ronald-svdz/input/$(1) \
        OUT_DIR=/data/DIV5/SASC/project-064-ronald-svdz/analysis/runs/$(2) \
        CHIPCAP_VER=0.1.2 \
        FASTQ_EXT=fastq \
        CHIPCAP_INPUT=$(3) \
        CHIPCAP_QC_MODE=cliptrim \
        GZIP_EXT=gz \
        MACS14_EXE=/home/sajvanderzeeuw/.virtualenvs/ronald/bin/macs \
        PYTHON_EXE=/home/sajvanderzeeuw/.virtualenvs/ronald/bin/python2.7 \
        OPT_MACS14_mfold=$(4),$(5)
        #OPT_MACS14_control=control.bam

#Negative control sample
pool1_negCTRL:
        $(call getCommand,pool1,pool1_negCTRL_monday_test,pool1-negCTRL_S1_L001_R1_001.fastq.gz,15,30)

我怎么说运行_samples.mk也应该执行cleanintermediate（在chipcap.mk中）。我一直很困惑，但找不到正确的方法

cleanintermediate: $(CHIPCAP_OUTPUT)

在chipcap.mk中，应变为

cleanintermediate:all

在runchipcap.mk中，向getCommand添加cleanintermediate

getCommand = $(MAKE) -f /data/DIV5/SASC/project-064-ronald-svdz/analysis/pipelines/chipcap/chipcap.mk \
        IN_DIR=/data/DIV5/SASC/project-064-ronald-svdz/input/$(1) \
        OUT_DIR=/data/DIV5/SASC/project-064-ronald-svdz/analysis/runs/$(2) \
        CHIPCAP_VER=0.1.2 \
        FASTQ_EXT=fastq \
        CHIPCAP_INPUT=$(3) \
        CHIPCAP_QC_MODE=cliptrim \
        GZIP_EXT=gz \
        MACS14_EXE=/home/sajvanderzeeuw/.virtualenvs/ronald/bin/macs \
        PYTHON_EXE=/home/sajvanderzeeuw/.virtualenvs/ronald/bin/python2.7 \
        OPT_MACS14_mfold=$(4),$(5) cleanintermediate
        #OPT_MACS14_control=control.bam

---

getCommand是否只是运行chipchap.mk中的默认目标？（这就是它看起来的样子，但我只是确定一下。）如果默认目标有一个名称，您可能只需要将

cleanintermediate

添加到getCommand命令中并使其工作。如果没有，您也可以在

pool1\u negCTRL

正文中第二次运行make，而不使用所有变量，并将

cleantermediate

作为目标。@EtanReisner是的，确实这就是getcommand所做的。（很抱歉回复得太晚！）我想我会设法通过你的解释参加竞选的。谢谢你的解释！如果我让它工作，你会听到的！