Mapping 如何仅提取映射读取？
我已经将一个pacbio读取映射到一个引用[with minimap2]，现在我在Bam文件中有了输出。我只想从中提取映射读取。 我尝试了bamToFastq[samtools-bamtofq-input.bam | seqtk-seq-A>output.fa]，因为我最终希望将我的文件放在fasta中，但它不起作用。Mapping 如何仅提取映射读取？,mapping,bioinformatics,fasta,fastq,genome,Mapping,Bioinformatics,Fasta,Fastq,Genome,我已经将一个pacbio读取映射到一个引用[with minimap2]，现在我在Bam文件中有了输出。我只想从中提取映射读取。 我尝试了bamToFastq[samtools-bamtofq-input.bam | seqtk-seq-A>output.fa]，因为我最终希望将我的文件放在fasta中，但它不起作用。 这里有人有解决方案吗？这是一个使用samtools的简单任务。从mapped.bam可以调用fasta samtools view-b-F 4 file.bam>mapped.b
这里有人有解决方案吗？这是一个使用samtools的简单任务。从mapped.bam可以调用fasta
samtools view-b-F 4 file.bam>mapped.bam我已经尝试过这个方法，但它对我不起作用。它给出了一个几乎为空的奇怪输出。