Memory 执行程序时分配虚拟内存空间

我想用一个程序来计算蛋白质中的隧道和空洞。这显然需要比默认分配的程序更多的虚拟内存，因为我得到以下错误：

“计算所需的内存超过Java虚拟机当前可以分配的内存。”

我正在通过命令行（./caver_analyst）执行程序，现在希望在不破坏我的计算机的情况下给它更多的虚拟内存

所以我的问题是2：

1） 我如何知道我可以分配多少虚拟内存而不会崩溃？（从这里我了解到，无论我分配了多少虚拟内存，都不应该……？）

2） 第一次启动时，如何从命令行将该虚拟内存分配给caver_analyst（每次使用该程序时所需的内存可能都会发生变化）