Mpi 确定PBS脚本中qsub之后的CPU总数

对于使用qsub调用的PBS脚本，我想知道在PBS文件中定义的数字被命令行的输入覆盖的情况下，实际分配了多少CPU。例如，使用以下pbs脚本文件：

jobscript.pbs:

#!/bin/bash
#PBS -N test_run
#PBS -l nodes=32
#PBS -l walltime=06:00:00
#PBS -j oe
#PBS -q normal
#PBS -o output.txt

cd $PBS_O_WORKDIR

module load gcc-openmpi-1.2.7
time mpiexec visct

#!/bin/bash
#PBS -N test_run
#PBS -l nodes=32
#PBS -l walltime=06:00:00
#PBS -j oe
#PBS -q normal
#PBS -o output.txt

# This finds out the number of nodes we have
NP=$(wc -l $PBS_NODEFILE | awk '{print $1}')
echo "Total CPU count = $NP"

此脚本可以使用以下命令行仅使用16个CPU（而不是32个）运行：

$ qsub -l nodes=2:ppn=8 jobscript.pbs

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因此，我想要一个健壮的方法来确定脚本中实际可用的CPU数量。

我能够使用

$PBS\u NODEFILE

环境变量回答我自己的问题，该变量包含到一个列出可用节点信息的文件的路径：

jobscript.pbs:

#!/bin/bash
#PBS -N test_run
#PBS -l nodes=32
#PBS -l walltime=06:00:00
#PBS -j oe
#PBS -q normal
#PBS -o output.txt

cd $PBS_O_WORKDIR

module load gcc-openmpi-1.2.7
time mpiexec visct

#!/bin/bash
#PBS -N test_run
#PBS -l nodes=32
#PBS -l walltime=06:00:00
#PBS -j oe
#PBS -q normal
#PBS -o output.txt

# This finds out the number of nodes we have
NP=$(wc -l $PBS_NODEFILE | awk '{print $1}')
echo "Total CPU count = $NP"

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多亏了在网上搜索了很多次后的“”我知道你已经找到了答案，但我想我会用另一种方式与你分享

此代码较长，但它有助于满足我的特定需求。我实际上使用pbsnodes命令。下面是我的代码片段

@nodes_whole =`pbsnodes -av -s $server | grep "pcpus" `;
$nodes_count = ` pbsnodes -av -s $server | grep "pcpus" | wc -l `;
while($i < $nodes_count){
    @cpu_present = split(/\s+/, $nodes_whole[$i]);
    $cpu_whole_count += $cpu_present[3];
    $i++;
}

我看到了正在使用的资源：

@nodes_used=`pbsnodes -av -s $server | grep "resources_assigned.ncpus" `;

还有一种情况，我在等待硬件时，有两个集群运行在一个头部节点上。在这种情况下，我检查节点分配给哪个集群，然后根据分配给该集群的节点进行计数。这样，所有用户看到的都是另一个集群，并使用他们在其他集群中使用的脚本

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我之所以提到这一点，是因为我已经找到了许多有用的方法来使用pbsnodes，而且它很适合我的特殊需要

继续，接受你自己的答案，这样这个问题就结束了。这是一份工作还是多份工作？“CPU实际已分配”是否意味着作业正在运行？@Anna这是针对单个作业的（但您可以多次运行此作业），脚本将在每个作业开始运行时对其执行一次。结果提供了当前单个作业中可用的CPU数量。@MasterHD，那么这是否意味着$PBS_NODEFILE包含关于单个作业的信息？如果我同时运行两个作业会怎么样？@Anna每个作业都有自己的进程（私有环境变量和输出流），因此yes$PBS\u NODEFILE将包含相应作业的节点数。