Mpi 运行并行作业而不读取PBS脚本

是否可以禁用超读功能？或者通过torque PBS脚本只使用节点中可用的物理内核

我的问题是，当我使用node=1:ppn=12运行MPI作业时，它的运行速度很快。（第一次迭代需要不到1分钟），但当我使用node=2:ppn=12时，速度很糟糕（第一次迭代需要超过6小时）

我的任务脚本

---

请帮助我在不阅读的情况下运行作业。谢谢

为什么要指责超线程而不是节点间通信？单节点运行不使用12个MPI进程和2个线程/MPI进程吗？在

mpiexec

之前尝试

export OMP\u NUM\u THREADS=1

，看看每个MPI进程只有一个线程。根据所花的时间，我同意@GillesGouaillardet。问题似乎出在MPI端。如果在一个具有“超线程”的节点中没有问题，那么为什么在两个节点中会出现“超线程”问题？节点数是具有以下属性的变量：changed@GillesGouaillardet非常感谢你的建议。是的，首先我会尝试每个套接字执行一个MPI任务。假设您的节点是双套接字，每个套接字有6个内核，那么2个节点的作业将是每个MPI任务4个MPI任务和6个OpenMP线程。您使用的是哪种互连？Infiniband？TCP/IP？没错！

  #!/bin/bash
  #PBS -N Vcrlx
  #PBS -q batch
  #PBS -l nodes=2:ppn=12
  #PBS -l walltime=20:00:00
  #PBS -m bea
  #PBS -j oe 
cd $PBS_O_WORKDIR

mpirun -np 24 pw.x  < vcrlx.in > vcrlx.out

  #!/bin/bash
  #PBS -N Vcrlx
  #PBS -q batch
  #PBS -l nodes=2:ppn=12::mpiprocs=1:ompthreads=24  <--------------
  #PBS -l walltime=24:00:00
  #PBS -m abe 
  #PBS -j oe 
cd $PBS_O_WORKDIR

mpirun -np 24 pw.x  < vcrlx.in > vcrlx.out

     Parallel version (MPI & OpenMP), running on      48 processor cores
     Number of MPI processes:                24
     Threads/MPI process:                     2

     MPI processes distributed on     2 nodes
     R & G space division:  proc/nbgrp/npool/nimage =      24