mpirun的奇怪行为，总是在启动2个进程时严格绑定到核心0和1

一位同事最近观察到了一些奇怪的行为，我已经能够重现这种行为。我们有一台用于模拟的计算机，它由两个Xeon处理器提供动力，每个处理器有18个内核，我们可以使用36个内核

当我们使用2个进程启动应用程序时，mpi总是绑定在套接字0的核心0和1上。因此，如果我们运行4个模拟，每个模拟使用2个进程，那么内核0和1将在每个进程的CPU使用率为25%的情况下完成所有工作

请参阅下面报告的MPI绑定。当我们为每个模拟使用2个以上的进程时，MPI的行为与预期的一样，即当运行4个模拟时，每个模拟使用3个进程，然后12个内核与每个进程一起工作，每个进程的CPU使用率为100%

[user@apollo3 tmp]$ mpirun -np 2 --report-bindings myApp -parallel > run01.log &
[1] 5374
[user@apollo3 tmp]$ [apollo3:05374] MCW rank 0 bound to socket 0[core 0[hwt 0]]: [B/././././././././././././././././.][./././././././././././././././././.]
[apollo3:05374] MCW rank 1 bound to socket 0[core 1[hwt 0]]: [./B/./././././././././././././././.][./././././././././././././././././.]

[user@apollo3 tmp]$ mpirun -np 2 --report-bindings myApp > run02.log &
[2] 5385
[user@apollo3 tmp]$ [apollo3:05385] MCW rank 0 bound to socket 0[core 0[hwt 0]]: [B/././././././././././././././././.][./././././././././././././././././.]
[apollo3:05385] MCW rank 1 bound to socket 0[core 1[hwt 0]]: [./B/./././././././././././././././.][./././././././././././././././././.]

MPI的这种绑定行为的原因是什么

我们在机器上运行OpenMPI1.10

[user@apollo3 tmp]$ mpirun --version
mpirun (Open MPI) 1.10.0

---

长话短说，这不是一个bug，而是一个特性

各种　

mpirun

彼此不通信，因此每个MPI作业都认为它在系统上单独运行，因此使用核心0和1

如果您知道将在同一台机器上运行多个作业，最简单的选项是禁用绑定

mpirun -bind-to none ...

我会成功的

更好的选择是使用资源管理器（如SLURM、PBS或其他），并确保构建了OpenMPI来支持它。 资源管理器将为每个作业分配不同的核心集，因此不再有重叠

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最近有人问了一个类似的问题，请参见

上的另一个选项奇怪的是，当使用3个或更多进程时，我的问题不会发生。只有当我使用2时，mpi才会绑定到前两个核心。在所有其他情况下，mpi绑定到空闲的、未占用的内核。另一方面，使用

--bind to none

确实避免了我在问题中描述的问题。但是，我还不明白为什么，默认策略是将2个MPI任务绑定到core，否则绑定到socket。如果您使用3个MPI任务作业，那么套接字0最终将比套接字1拥有更多的任务。@DohnJoe，告诉所有同时使用系统的人将[t]csh的

导出OMPI\U MCA\U hwloc\U base\U binding\U policy=none

（或

设置ENV OMPI\U MCA\U hwloc\U base\U binding\U policy none

（

.bashrc

，

.zshrc

，

.whateverrc

）。这相当于指定

--bind to none

，但通过环境中的MCA参数实现。一旦Open MPI引入自动绑定，我们必须为群集的所有用户实现此功能。@hristoilev您不是在使用资源管理器吗？如果您使用的是（正确配置的）资源管理器和开放式MPI是为支持它而正确构建的，在运行平面MPI时不应该有任何问题。imho在运行混合MPI+OpenMP时禁用绑定只是一个较小的问题，默认情况下我不建议使用它。