Nextflow 如何枚举通道中的文件以使用“collectFile”`

在使用

collectFile

之前，我试图枚举通道中的文件以重命名它们：

files.flatten().merge(Channel.fromList([1, 2, 3, 4])).collectFile(storeDir: "$SCRATCH/intermediate") {
    item -> ["data${item[1]}.csv", item[0].text]
}

但是文档中说，频道的

merge

操作符已被弃用，但没有指出应该使用的任何替代方法。我可以用什么来代替合并？

可以用。如果您的输入是列表，您可以执行以下操作：

def indexedChannel( items ) {
    return Channel.from( items.withIndex() ).map { item, idx -> tuple( idx, item ) }
}

ch1 = indexedChannel( [ 15, 20, 21 ] )
ch2 = indexedChannel( [ 'a', 'b', 'c' ] )
ch3 = indexedChannel( [ 1, 2, 3 ] )

ch1
    .join( ch2 )
    .join( ch3 )
    .view()

结果:

[0, 15, a, 1]
[1, 20, b, 2]
[2, 21, c, 3]

但是，两个通道的合并/连接不需要枚举。只需使用：

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这是我最后的解决方案：```files.map{items->items.withIndex（）}.flant（）.collate（2.map{item，idx->tuple（idx+1，item）}.collectFile（storeDir:$SCRATCH/intermediate”）{item->[“data${item[0]}.csv”，item[1].text]}``谢谢您的帮助：）

def c = 1
Channel
    .fromPath( './data/*.txt' )
    .map { tuple( it, c++ ) }
    .collectFile(storeDir: "$SCRATCH/intermediate") { fn, count ->
        ["data${count}.csv", fn.text]
    }