Opengl 如何可视化生成的RNA二级结构

我正在开发一个可视化RNA二级结构的工具，为此我实现了Nussinov的算法，该算法将RNA二级结构生成为带有相应索引的列表，代码可在此处找到[0]

[0]

但我一直在理解如何将其可视化（作为平面图），上面的代码为我提供了一个二级结构的顺序列表，因此有人可以建议我如何可视化该结构。可以在这里找到此类工具的示例[1]

[1]

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我知道有更好的算法，但现在我只想用这个可视化，一旦我理解了可视化，我会选择一个更好的算法。

你可以用jmol来实现。Jmol允许您使用它的java或者我相信它的javascript api向坐标空间添加任意键/原子

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当然，一般来说，PDB文件格式将用于此类数据

很古老，但仍然常用。显然，去年应该通过GSoC项目获得RNA二级结构渲染，但我不确定程序中的状态。

从算法上可视化RNA的二级结构（或任何图形）是一个难题。您需要注意，在保持链接长度一致的同时，重叠尽可能少。正如其他答案所指出的，您已经可以使用许多现有的实现。我将添加另一个非常易于使用且无需下载的：

您只需在此处输入点括号字符串：

>molecule_name
CGCUUCAUAUAAUCCUAAUGAUAUGGUUUGGGAGUUUCUACCAAGAGCCUUAAACUCUUGAUUAUGAAGUG
((((((((((..((((((.........))))))......).((((((.......))))))..)))))))))

这将为您提供一个如下所示的可视化：

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这是使用ViennaRNA RNAplot程序和d3的力有向图算法的组合计算出来的。

对不起，我没有任何生物信息学背景，也不了解你的算法的功能。所以，请说明你真正需要可视化的数据是什么，是点列表，抽象标签列表，还是什么？你也可以在biostar上提问：你还在寻找这个问题的答案吗？所有贴出的答案看起来都很好，那么你还有什么要找的吗？我在罗切斯特大学的RNaStand项目上工作，并指出我们使用RNA二级结构二维可视化布局的代码。代码是GPL。