Parallel processing fortran netcdf关闭并行死锁
我正在为某些类型的文件修改fortran mpi程序,从顺序写入改为并行写入。它使用netcdf 4.3.3.1/hdf5 1.8.9并行。我使用英特尔编译器版本14.0.3.174 完成所有读/写操作后,是关闭文件的时候了。此时,模拟不再继续。所以所有的电话都在等着。当我检查每个处理器的调用堆栈时,我可以看到主根与其他处理器相比是不同的 Mpi主处理器调用堆栈:Parallel processing fortran netcdf关闭并行死锁,parallel-processing,fortran,mpi,hdf5,netcdf,Parallel Processing,Fortran,Mpi,Hdf5,Netcdf,我正在为某些类型的文件修改fortran mpi程序,从顺序写入改为并行写入。它使用netcdf 4.3.3.1/hdf5 1.8.9并行。我使用英特尔编译器版本14.0.3.174 完成所有读/写操作后,是关闭文件的时候了。此时,模拟不再继续。所以所有的电话都在等着。当我检查每个处理器的调用堆栈时,我可以看到主根与其他处理器相比是不同的 Mpi主处理器调用堆栈: __sched_yield, FP=7ffc6aa978b0 opa
__sched_yield, FP=7ffc6aa978b0
opal_progress, FP=7ffc6aa978d0
ompi_request_default_wait_all, FP=7ffc6aa97940
ompi_coll_tuned_sendrecv_actual, FP=7ffc6aa979e0
ompi_coll_tuned_barrier_intra_recursivedoubling, FP=7ffc6aa97a40
PMPI_Barrier, FP=7ffc6aa97a60
H5AC_rsp__dist_md_write__flush, FP=7ffc6aa97af0
H5AC_flush, FP=7ffc6aa97b20
H5F_flush, FP=7ffc6aa97b50
H5F_flush_mounts, FP=7ffc6aa97b80
H5Fflush, FP=7ffc6aa97ba0
NC4_close, FP=7ffc6aa97be0
nc_close, FP=7ffc6aa97c00
restclo, FP=7ffc6aa98660
driver, FP=7ffc6aaa5ef0
main, FP=7ffc6aaa5f90
__libc_start_main, FP=7ffc6aaa6050
_start,
__sched_yield, FP=7fffe330cdd0
opal_progress, FP=7fffe330cdf0
ompi_request_default_wait, FP=7fffe330ce50
ompi_coll_tuned_bcast_intra_generic, FP=7fffe330cf30
ompi_coll_tuned_bcast_intra_binomial, FP=7fffe330cf90
ompi_coll_tuned_bcast_intra_dec_fixed, FP=7fffe330cfb0
mca_coll_sync_bcast, FP=7fffe330cff0
PMPI_Bcast, FP=7fffe330d030
mca_io_romio_dist_MPI_File_set_size, FP=7fffe330d080
PMPI_File_set_size, FP=7fffe330d0a0
H5FD_mpio_truncate, FP=7fffe330d0c0
H5FD_truncate, FP=7fffe330d0f0
H5F_dest, FP=7fffe330d110
H5F_try_close, FP=7fffe330d340
H5F_close, FP=7fffe330d360
H5I_dec_ref, FP=7fffe330d370
H5I_dec_app_ref, FP=7fffe330d380
H5Fclose, FP=7fffe330d3a0
NC4_close, FP=7fffe330d3e0
nc_close, FP=7fffe330d400
RESTCOM`restclo, FP=7fffe330de60
driver, FP=7fffe331b6f0
main, FP=7fffe331b7f0
__libc_start_main, FP=7fffe331b8b0
_start,
剩余处理器调用堆栈:
__sched_yield, FP=7ffc6aa978b0
opal_progress, FP=7ffc6aa978d0
ompi_request_default_wait_all, FP=7ffc6aa97940
ompi_coll_tuned_sendrecv_actual, FP=7ffc6aa979e0
ompi_coll_tuned_barrier_intra_recursivedoubling, FP=7ffc6aa97a40
PMPI_Barrier, FP=7ffc6aa97a60
H5AC_rsp__dist_md_write__flush, FP=7ffc6aa97af0
H5AC_flush, FP=7ffc6aa97b20
H5F_flush, FP=7ffc6aa97b50
H5F_flush_mounts, FP=7ffc6aa97b80
H5Fflush, FP=7ffc6aa97ba0
NC4_close, FP=7ffc6aa97be0
nc_close, FP=7ffc6aa97c00
restclo, FP=7ffc6aa98660
driver, FP=7ffc6aaa5ef0
main, FP=7ffc6aaa5f90
__libc_start_main, FP=7ffc6aaa6050
_start,
__sched_yield, FP=7fffe330cdd0
opal_progress, FP=7fffe330cdf0
ompi_request_default_wait, FP=7fffe330ce50
ompi_coll_tuned_bcast_intra_generic, FP=7fffe330cf30
ompi_coll_tuned_bcast_intra_binomial, FP=7fffe330cf90
ompi_coll_tuned_bcast_intra_dec_fixed, FP=7fffe330cfb0
mca_coll_sync_bcast, FP=7fffe330cff0
PMPI_Bcast, FP=7fffe330d030
mca_io_romio_dist_MPI_File_set_size, FP=7fffe330d080
PMPI_File_set_size, FP=7fffe330d0a0
H5FD_mpio_truncate, FP=7fffe330d0c0
H5FD_truncate, FP=7fffe330d0f0
H5F_dest, FP=7fffe330d110
H5F_try_close, FP=7fffe330d340
H5F_close, FP=7fffe330d360
H5I_dec_ref, FP=7fffe330d370
H5I_dec_app_ref, FP=7fffe330d380
H5Fclose, FP=7fffe330d3a0
NC4_close, FP=7fffe330d3e0
nc_close, FP=7fffe330d400
RESTCOM`restclo, FP=7fffe330de60
driver, FP=7fffe331b6f0
main, FP=7fffe331b7f0
__libc_start_main, FP=7fffe331b8b0
_start,
我确实意识到一个调用堆栈包含bcast,而另一个调用堆栈包含一个屏障。这可能会导致死锁。然而,我无法预见如何从这里继续下去。如果mpi调用未正确完成(例如,仅在1进程中调用),我希望出现错误消息,而不是此类行为
更新:源代码大约有10万行
文件以以下方式打开:
cmode = ior(NF90_NOCLOBBER,NF90_NETCDF4)
cmode = ior(cmode, NF90_MPIIO)
CALL ipslnc( NF90_CREATE(fname,cmode=cmode,ncid=ncfid, comm=MPI_COMM, info=MPI_INFO))
截止日期为:
iret = NF90_CLOSE(ncfid)
事实证明,当写入NF90_PUT_ATT时,根处理器的值与其他处理器的值不同。一旦解决,程序将按预期运行 我们必须查看代码。如果代码太长,请准备一份。对于一些只写文件并关闭的简单代码,会发生这种情况吗?我就是这样。但这也是一个大问题。