Perl 如何从文件中隔离数据块

我有一个这样的文件

a score=-120.0
s Chicken.chr22      947 4 +   4081097 tgag
s Turkey.chrZ   31560312 4 -  81011772 ttct
s Mallard.apl2   2559751 4 - 153042893 TTCG

a score=61344.0
s Chicken.chr22                            951 15 +   4081097 c------tgggtgaagcactg
s Turkey.chrZ                         31560316 15 -  81011772 t------tgggtaaggaactg
s Mallard.apl2                         2559755 15 - 153042893 T------TGGGTTAGAAACTG
s Rock_pigeon.scaffold637               370291 15 +    418352 G------AGGGTCAGTTTCTG
s Common_cuckoo.scaffold569             739303 15 +   1009149 C------TGGGTTGAAAACTG
s Anna_s_hummingbird.scaffold44        3039342 15 -  10500161 C------TGGGTTAAACACTG
s Hoatzin.scaffold186                    66281 15 +    155126 C------TGGATAAAGAACTG
s Emperor_penguin.Scaffold155          7152296 15 -   9595628 C------TGGGTAAAAAATTG
s Adelie_penguin.scaffold207            570235 15 -   3061884 C------TGGGTCAAAAACTG
s Crested_ibis.scaffold108            24271571 15 -  27015053 C------TGAGTAAAAACCTG
s Little_egret.scaffold238              365328 14 +   1015180 -------TGGGTTAAAAACTG
s Peregrine_falcon.scaffold41_1        3239034 14 -   3351735 -------TGGGTTAAAAGCTG
s Budgerigar.megascaffold18            4987476 14 +  17573940 -------TGGATAAAGAACTG
s Golden_collared_manakin.scaffold312  1652783 16 +   1993610 A-----CAGGGTTAGGAACTG
s Downy_woodpecker.scaffold1064           9341 21 -    117330 AGTGAGGTGGATTGTGAACTG

每个数据块的第一行以

a

开头，其他行以

s

开头。之后，一个空行分隔块

不幸的是，每个块包含不同数量的

s

行

我想收集块（在具有相同格式的不同文件中），它将有第一行（从

a

开始），并且

s

行数将等于我将作为参数传递的数字

我写了下面的脚本，但不起作用。有人能帮我吗

#!/usr/bin/perl
use strict;
#use warnings;

use POSIX;

my $maf     = $ARGV[0];
my $species = $ARGV[1];

#It filters the maf file. takes the blocks with all the species

open my $maf_file, $maf or die "Could not open $maf: $!";
my $count = 0;
my @array;

while (my $mline = <$maf_file>) {

  next if /^\s*#/;    #to avoid some lines with comments

  if ($mline =~ /^a/) {
    push(@array, $mline);
  }

  if ($mline =~ /^s/) {

    until ($mline != ~/\s/) {
      push(@array, $mline);
      $count += 1;
    }

    foreach (@array) {

      if ($count == $species) {
        print "$_\n";
      }
    }

    undef(@array);

  }

#/usr/bin/perl
严格使用；
#使用警告；
使用POSIX；
my$maf=$ARGV[0]；
my$species=$ARGV[1]；
#它过滤maf文件。带着所有的物种去街区
打开我的$maf_文件，$maf或die“无法打开$maf:$！”；
我的$count=0；
我的@数组；
而（我的$mline=）{
下一步if/^\s*#/##以避免出现带有注释的行
如果（$mline=~/^a/）{
推送（@array，$mline）；
}
如果（$mline=~/^s/）{
直到（$mline！=~/\s/）{
推送（@array，$mline）；
$count+=1；
}
foreach（@array）{
如果（$count==$species）{
打印“$\u\n”；
}
}
未定义（@array）；
}

如果文件是按块组织的，通常可以更改Perl的输入记录分隔符，使您能够逐块处理文件

# You should enable these.
use strict;
use warnings;

# Change the input record separator.
# You typically want to make this change within a subroutine or other narrowly
# scoped location within your program.
local $/ = "\n\n";

while (my $block = <>){
    my @lines = split /\n/, $block;

    # Do stuff with the lines in a block.
}

#您应该启用这些。
严格使用；
使用警告；
#更改输入记录分隔符。
#通常，您希望在子例程或其他程序中进行此更改
#程序中的作用域位置。
本地$/=“\n\n”；
while（my$block=）{
my@lines=split/\n/，$block；
#用一个块中的线做一些东西。
}

您还没有真正提出问题，因此很难提供太多帮助。但是，如果您只想将每个块放入数组的单独元素中，这非常简单。只需将

$/

设置为空字符串，即可将Perl设置为“段落模式”

open my $maf_file, $maf or die "Could not open $maf: $!";
my @blocks;

{
  local $/ = ''; # always localise changes to Perl's special variables
  @blocks = <$maf_file>;
}

打开我的$maf_文件，$maf或die“无法打开$maf:$！”；
我的@blocks；
{
local$/=''；始终本地化对Perl特殊变量的更改
@区块=；
}

我相信我在FMc的帮助下解决了这个问题。 多谢各位

#!/usr/bin/perl

use strict;
use POSIX;

my $maf = $ARGV[0];
my $species = $ARGV[1];
my $nline = 0;

if ($species == "" || $species == "0") {
$species = 1;
#print "Forching number of species to 1\n";
}
open (FILE, $maf) or die("foo");

local $/ = "\n\n";

while (<FILE>){
my @lines = split /\n/, <>;
my $arraySize = @lines;
foreach (@lines) {
 if ($arraySize == $species +1 ) {
    print "$_\n";
    $nline = 1;
 }
}
if ($nline == 1) {
    print"\n";
    $nline = 0;
}

！/usr/bin/perl
严格使用；
使用POSIX；
my$maf=$ARGV[0]；
my$species=$ARGV[1]；
我的$nline=0；
如果（$species==“”| |$species==“0”）{
$species=1；
#打印“Forcing number of species to 1\n”；
}
打开（文件$maf）或死亡（“foo”）；
本地$/=“\n\n”；
而（）{
my@lines=split/\n/；
我的$arraySize=@行；
foreach（@行）{
如果（$arraySize==$species+1）{
打印“$\u\n”；
$nline=1；
}
}
如果（$nline==1）{
打印“\n”；
$nline=0；
}

---

}

这是圣诞晚餐精选吗？：）你说的“它不起作用”是什么意思？是否有错误消息？它是否有任何作用？您正在谈论另一个文件…该文件是否与您提供的示例相同？另外，请检查。它可能是您正在寻找的。它没有任何作用。是的，该文件与您的程序无法编译的示例一样：它具有不平衡的大括号

{…}

。此外，您决不能注释掉

使用警告；您应该改为修复错误。不清楚您想要什么。在示例数据文件中，您有一个包含三条
s
记录的块和一个包含十五条
s
记录的块。假设我输入
10
作为程序的第二个参数。您希望使用se吗在第一个区块中还要再添加几行？你认为第二个区块会删除五行吗？OP写道：“我写了下面的脚本，但它不起作用。有人能帮我吗？”这是我书中的一个问题。这不是一个很好的问题，但仍然是一个问题。他还在评论中说“它没有任何作用。是的，文件就像样本一样。”我想这就足够了。