在Perl上用更少的代码行实现此算法

我想用Perl实现这个算法。 让我们接受这一点：

• DNA1=GACTAGGC
• DNA2=AGCTAGA

DNA1的第一个元素是G，我们将发现DNA2处是否有G，并用一个点指向它。我们将其一直延续到最后，这样图像显示的每个元素的交点都与一个点相同

下一步是：连接点。要指向点，第一个点应该位于小正方形的左上角，另一个点应该位于右下角（我的意思是线应该有135度），如果严格度为2，这意味着拒绝从2点到小于2点出现的线（这意味着如果严格度为3，则图像上只有一条线）

最后一步是：字数。如果wordcount为1（在图像中为1），则表示逐个比较元素。如果是3，则表示将其中的3个进行比较。您可以编写wordcount为1的程序，因为它始终为1

我搜索了一下，我得到的是：

$infile1 = "DNA1.txt";
$infile2 = "DNA2.txt";

$outfile = "plot.txt";
$wordsize=0;
$stringency=0;

open inf, $infile1 or die "STOP! File $infile1 not found.\n";
$sequence1=<inf>;
chomp $sequence1;
@seq1=split //,$sequence1;
close inf;

open inf, $infile2 or die "STOP! File $infile2 not found.\n";
$sequence2=<inf>;
chomp $sequence2;
@seq2=split //,$sequence2;
close inf;

$Lseq1=$#seq1+1;
$Lseq2=$#seq2+1;

open ouf, ">$outfile";

for ($i=0;$i<$Lseq1;$i++){
print ouf "\n";
for ($j=0;$j<$Lseq2;$j++){
  $match=0;
  for ($w=0;$w<=$wordsize;$w++){
    if($seq1[$i+$w] eq $seq2[$j+$w]){
      $match++;
    }
  }
  if($match > $stringency){
     print ouf "1";
  }
  else{
     print ouf "0";
  }
}
}

编辑3:这里有一个更好的算法建议：

---

任何根据更好的算法改进代码的想法都是受欢迎的。

首先，最内层的for循环完全没有必要。摆脱它将加快你的代码

其次，您的代码不适用于0以外的$stringency

修正：

你会得到这样的结果

01000110
10001002
00100000
00020000
10003001
02000410
01000150
00200000

顺便说一句，我们试图实现的目标与找到目标非常相似

更新从文件中获取

$s1

和

$s2

，一次一行

open(my $fh1, '<', ...) or die(...);
open(my $fh2, '<', ...) or die(...);

for (;;) {
    my $s1 = <$fh1>;
    my $s2 = <$fh2>;

    die("Files have different length\n")
        if defined($s1) && !defined($s2)
        || !defined($s1) && defined($s2);

    last if !defined(($s1);

    chomp($s1);
    chomp($s2);

    ... code to generate graph ...
}

---

open（my$fh1），首先，最内层的for循环完全没有必要。去掉它会加快代码的速度

其次，您的代码不适用于0以外的$stringency

修正：

你会得到这样的结果

01000110
10001002
00100000
00020000
10003001
02000410
01000150
00200000

顺便说一句，我们试图实现的目标与找到目标非常相似

更新从文件中获取
$s1
和
$s2
，一次一行

open(my $fh1, '<', ...) or die(...);
open(my $fh2, '<', ...) or die(...);

for (;;) {
    my $s1 = <$fh1>;
    my $s2 = <$fh2>;

    die("Files have different length\n")
        if defined($s1) && !defined($s2)
        || !defined($s1) && defined($s2);

    last if !defined(($s1);

    chomp($s1);
    chomp($s2);

    ... code to generate graph ...
}

打开（我的$fh1，'为什么代码要少一些，这已经很短了。事实上，如果我是你，我会添加一些代码，至少如果你把空格算为代码的话。如果可以的话，我想对它进行优化，例如在文件操作中，或者如果有，我也不确定代码是否有效。另外，这是我关于Perl问题的第三个主题所有这些评论都像是建议很短很好，但最后我只得到了一行答案。这就是为什么我想越来越多地优化它，因为它是Perl，我想知道是否有可能做更多的事情。这里有一些你应该添加的代码：
使用严格；使用警告；
更短的代码esn不能运行得更快。这只是作者炫耀自己编写模糊的、难以维护的代码的能力的借口。对于sig文件和Perl golf来说，这种事情可能很有趣，但它在用于实际工作的脚本中没有一席之地。为什么代码要少一些，这已经很短了。事实上，如果我是你，我会添加一些代码，至少如果你同意的话t空格作为代码。我想优化它，如果我可以的话，比如在文件操作中，或者如果有，我也不确定代码是否有效。还有一个，这是我关于Perl问题的第三个主题，所有这些问题的注释都像是建议，非常简短，但是最后我得到了所有的答案一行。这就是为什么我想对它进行越来越多的优化，因为它是Perl，我想知道是否有可能做更多的事情。这里有一些你应该添加的代码：
使用strict；使用warnings；
更短的代码不会运行得更快。这只是作者炫耀自己编写模糊、难以维护的代码的能力的借口n代码。对于sig文件和Perl golf来说，这种事情可能很有趣，但它在用于实际工作的脚本中没有位置。你能从文件中读取它们并在一行读取时拆分它们吗？@kamaci，当然你可以一次读取一行文件。我没有在我的脚本中包括，因为就问题而言，这是噪音。如果你你需要从文件中读取的帮助，我建议你创建另一个问题。我更改了从文件中读取的部分，但你的代码工作得很好，谢谢。你能从文件中读取它们并在一行读取时拆分它们吗？@kamaci，当然你可以一行一行地读取一个文件。我的脚本中没有包含这一问题，因为就我的问题而言，这是噪音如果你需要从文件中读取的帮助，我建议你创建另一个问题。我更改了从文件中读取的部分，但你的代码运行良好，谢谢。
print $L[$j];

01000110
10001002
00100000
00020000
10003001
02000410
01000150
00200000

open(my $fh1, '<', ...) or die(...);
open(my $fh2, '<', ...) or die(...);

for (;;) {
    my $s1 = <$fh1>;
    my $s2 = <$fh2>;

    die("Files have different length\n")
        if defined($s1) && !defined($s2)
        || !defined($s1) && defined($s2);

    last if !defined(($s1);

    chomp($s1);
    chomp($s2);

    ... code to generate graph ...
}