Perl 将PHYLIP文本文件转换为PNG图像

有人知道如何用perl编程将文本格式的文件转换为PNG图像吗

树文件：

(  
B:6.0,  
(  
A:5.0,  
C:3.0,  
E:4.0)  
:5.0,  
D:11.0);    

---

我尝试使用该模块，但它将不正确的节点写入SVG文件

此代码在标准输出上生成SVG输出（我没有资格评论是否显示了正确的节点）：

为了生成PNG图像，我使用脚本将SVG输出定向到一个文件，并使用ImageMagick的

convert

实用程序将其转换为PNG。看起来是这样的：

Bio:：Phylo:：Treedraweroutput“>

还有一些工具可以使用

Bio:：Phylo:：Treedrawer

直接创建PNG图像。要让

Bio:：Phylo:：Treedrawer

输出PNG图像，可以使用以下命令修改对象的属性：

$Treedrawer->set_format（'PNG'）；

但是，在我的系统中，当使用PNG图像格式时，我收到一条警告：

WARN Bio:：Phylo:：Treedrawer:：Abstract:_draw_legend[Bio/Phylo/Treedrawer/Abstract.pm:106]-Bio:：Phylo:：Treedrawer:：Png无法绘制图例

。我不认为这是一个bug。信息最好放在下面：

Bio:：Phylo:：Treedrawer:：Png不支持绘制图例

---

如果

Bio:：Phylo:：Treedrawer

的SVG输出优于

Bio:：Tree:：Tree

的SVG输出，则您可能只想将其用作数据格式。您可以使用图像编辑器或perl模块转换输出文件，该模块可以将SVG数据转换为PNG作为脚本的一部分。

此代码在

STDOUT

（我没有资格评论是否显示了正确的节点）：

为了生成PNG图像，我使用脚本将SVG输出定向到一个文件，并使用ImageMagick的

convert

实用程序将其转换为PNG

Bio:：Phylo:：Treedraweroutput“>

还有一些工具可以使用

Bio:：Phylo:：Treedrawer

直接创建PNG图像。要使

Bio:：Phylo:：Treedrawer

输出PNG图像，您可以使用以下命令修改对象的属性：

$Treedrawer->set_format（'PNG'）

但是，在我的系统中，当使用PNG图像格式时，我收到一条警告：

WARN Bio:：philo:：Treedrawer:：Abstract:_draw_legend[Bio/philo/Treedrawer/Abstract.pm:106]-Bio:：philo:：Treedrawer:：Png无法绘制图例
。我不认为这是一个错误。这条信息最好是：

Bio:：Phylo:：Treedrawer:：Png不支持绘制图例

如果
Bio:：Phylo:：Treedrawer
的SVG输出优于
Bio:：Tree:：Tree
的SVG输出，那么您可能只想将其用作数据格式。您可以使用图像编辑器或perl模块转换输出文件，该模块可以将SVG数据转换为PNG作为脚本的一部分。
您可以使用下面描述的模块吗？生成的SVG输出是否符合您的期望？当您尝试下面的代码时，在尝试PNG之前使用SVG输出：-）对于PNG，我建议直接从脚本内部写入文件句柄。您能够使用下面描述的模块吗？生成的SVG输出是否符合您的期望？当您尝试下面的代码时，请在尝试PNG之前使用SVG输出：-）对于PNG，我建议直接从脚本内部写入文件句柄。它说，全局符号“$tree”需要在第25行显式的包名。@Nari2 typo。。。
->set_tree
方法应该在
$forest
上被调用，而不是
$tree
我不仅错过了那个打字错误，我还错过了一个事实，我本可以说我没有看到
$forest
，因为
$tree
：-）它说，全局符号“$tree”在第25行需要显式的包名。@Nari2 typo。。。
->set_tree
方法应该在
$forest
上被调用，而不是
$tree
我不仅错过了那个打字错误，我还错过了一个事实，我可以说我没有看到
$forest
，因为
$tree
：-）
use v5.16;     # sets strict and warnings
use Bio::Phylo::Forest;
use Bio::Phylo::Treedrawer;

my $string = '(B:6.0,(A:5.0,C:3.0,E:4.0):5.0,D:11.0);';   

my $forest 
  = Bio::Phylo::IO->parse( -format => 'newick', -string => $string )->first;

my $treedrawer = Bio::Phylo::Treedrawer->new(
           -width  => 800,
           -height => 600,
           -shape  => 'CURVY', # curvogram
           -mode   => 'PHYLO', # phylogram
           -format => 'SVG'
);

$treedrawer->set_scale_options(
           -width => '100%',
           -major => '10%', # major cross hatch interval
           -minor => '2%',  # minor cross hatch interval
           -label => 'MYA',
);

$treedrawer->set_tree($forest);
$treedrawer->set_format('Svg');
print $treedrawer->draw;