如何在perl中使用哈希将文件中的名称更改为另一个名称？

我有一个这样的文件

>;1;
AACTCTGGGACAATGGCACACGGGAAACAGATAATGAACGATCAGCACAGGGAACTAGCG
>;2;
AACTCTGGGACAATGGCACACGGGAAACAGATAATGAACGATCAGCACAGGGAACTAGCG
>;3;
AACTCTGGGACAATGGCACACGGGAAACAGATAATGAACGATCAGCACAGGGAACTAGCG

我想将每个数字更改为相应的字符串

我编写了下面的Perl程序，但我不知道它有什么问题

%lista2 = (
    1  => "CAT00.3",
    2  => "CAT43.1",
    3  => "CAT40.3"
);

open(OA, ">file2.txt");

foreach $key ( keys %lista2 ) {

    open(SAL, "file.txt");

    while ( <SAL> ) {
        chomp;

        if( />/ ) {

            @w = split("\t");   
            $r = 0;
            s/\;//g;

            if ( /%lista2[i]/ ) {    
                print OA "$_ $lista2{$key}\n" ;
                $r = 1;
            }
        }
    }
}

close(SAL);
close(OA);

---

但我不知道怎么做。

我想你的方向是对的。但在这条路上的某个地方，我们迷路了，似乎随机地试图向任何方向奔跑。你的代码中有很多错误

比如说，你怎么能有这两行呢

        if ( /%lista2[i]/ ) {    
            print OA "$_ $lista2{$key}\n" ;

一次正确的尝试访问一个值（

$lista2{$key}

）和一次完全错误的尝试（

%lista2[i]

）

然后，由于您只打印到

OA

if（

“/$lista2{$key}/”

），因此您将完全删除输出中的所有其他行。你的例子表明，你不想这样

此外，还要更改循环嵌套。不要一次又一次地打开文件，而是打开一次，迭代行，每次迭代都迭代散列键。你的方式并没有完全错误，但你知道，打开和关闭文件并不便宜。说到关闭文件：您没有关闭外部循环体中的

SAL

，但这就是您重新打开它的地方

并至少使用一些非常基本的错误处理。检查

open

是否失败。一个错误的文件名和程序失败，没有任何迹象表明原因。让你的生活更轻松

如果以后仍要在输出中附加一个

\n

，并再次生成一行，为什么要使用

chomp（）

？跳过这个

我不知道如何解释这些台词：

        @w = split("\t");   
        $r = 0;
        s/\;//g;

那是剩菜吗？他们没有做任何有用的事

最后但并非最不重要的一点是，建议

使用strict并可能
使用警告以获取问题点上的指针

这里有一个通过你的例子

#!/usr/bin/perl

use strict;
use warnings;

my %lista2 =
(
  1  => "CAT00.3",
  2  => "CAT43.1",
  3  => "CAT40.3"
);

if (!open(OA, ">file2.txt")) {
 die($!);
}
if (!open(SAL, "file.txt")) {
  die($!);
}

foreach my $line (<SAL>) {
  foreach my $key (keys(%lista2)) {
    if ($line =~ s/^>;$key;$/>$lista2{$key}/) {
      last;
    }
  }
  print(OA $line);
}

close(SAL);
close(OA);

#/usr/bin/perl
严格使用；
使用警告；
我的%lista2=
(
1=>“CAT00.3”，
2=>“CAT43.1”，
3=>“CAT40.3”
);
如果（！open（OA，“>file2.txt”））{
死亡（$！）；
}
如果（！open（SAL，“file.txt”））{
死亡（$！）；
}
foreach我的$line（）{
foreach my$key（key（%lista2））{
如果（$line=~s/^>；$key；$/>$lista2{$key}/）{
最后；
}
}
打印（OA$行）；
}
关闭（SAL）；
关闭（OA）；

事实上，在内核中，它可以简化为模式替换。不需要拆分或任何操作。但是，如果您是初学者，模式可能会令人困惑

我还提高了详细程度以使事情更清楚。
您真的在使用PerlScript吗？（这与Perl中编写的脚本不同）如果没有，请考虑删除标签。
#!/usr/bin/perl

use strict;
use warnings;

my %lista2 =
(
  1  => "CAT00.3",
  2  => "CAT43.1",
  3  => "CAT40.3"
);

if (!open(OA, ">file2.txt")) {
 die($!);
}
if (!open(SAL, "file.txt")) {
  die($!);
}

foreach my $line (<SAL>) {
  foreach my $key (keys(%lista2)) {
    if ($line =~ s/^>;$key;$/>$lista2{$key}/) {
      last;
    }
  }
  print(OA $line);
}

close(SAL);
close(OA);