使用PERL将.gtf中的信息提取到新的文本文件

我有下面的.gtf文件，我只需要提取4个变量（染色体、起始/终止密码子和转录ID）

1       Cufflinks       transcript      11869   14412   1000    +       .      gene_id "CUFF.1"; transcript_id "CUFF.1.2"; FPKM "0.3750000000"; frac "0.000000"; conf_lo "0.375000"; conf_hi "0.375000"; cov "1.470346"; full_read_support "yes";
1       Cufflinks       transcript      11869   14412   444     +       .      gene_id "CUFF.1"; transcript_id "CUFF.1.3"; FPKM "0.1666666667"; frac "0.000000"; conf_lo "0.166667"; conf_hi "0.166667"; cov "0.653487"; full_read_support "yes";
2       Cufflinks       transcript      11869   14412   333     +       .      gene_id "CUFF.1"; transcript_id "CUFF.1.4"; FPKM "0.1250000000"; frac "0.000000"; conf_lo "0.125000"; conf_hi "0.125000"; cov "0.490115"; full_read_support "yes";**

我的问题是脚本如何知道如何处理选定的文件

您是否使用：

（1）

my$file='transcripts\u selected.gtf'

（2） 此脚本还可用于提取分区数据：

say $data->{"chromosome_number"}->{"start_codon"}->{"stop_codon"}->{"transcript_id"};

或者应该：

BioSeq->new（-chromosome\u number，-start\u codon…）

使用什么方法

（3） 最后，本脚本取自BioPerHowto：

my $seq_in = Bio::SeqIO->new( -file   => "<$infile", -format => $infileformat,);
my $seq_out = Bio::SeqIO->new( -file   => ">$outfile", -format => $outfileformat,);
while (my $inseq = $seq_in->next_seq) {$seq_out->write_seq($inseq);

my$seq_in=Bio:：SeqIO->new（-file=>“$outfile”，-format=>$outfileformat，）；
而（my$inseq=$seq_-in->next_-seq）{$seq_-out->write_-seq（$inseq）；

• 其中表示变量$infle/$outfile。是否应将.gtf文件的名称放在此处，并将带有选定数据的新文件的名称替换为$outfile

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指定文件名的最简单方法是编写以下内容：

my $infile = shift;
my $outfile = shift;

在HOWTO的代码块上方，然后键入：

perl ScriptName transcripts_selected.gtf OutFileName

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在命令行
为什么不看一些perl初学者教程，以便在开始尝试了解BioPerl之前掌握编程的基本原则？@ialarmedalien也许她用perl编写任何东西的唯一原因是因为BioPerl。