为什么在prinseqlite perl循环中没有写入输出文件？

我对这种类型的编码/命令行是完全陌生的，所以如果我以错误的方式问这个问题，我很抱歉

我想循环一个目录中的所有文件（我是DNA测序文件（.fastq格式））

我写了这个循环：

for i in *.fastq; do
perl /apps/prinseqlite/0.20.4/prinseq-lite.pl -fastq $i -min_len 220 -max_len 240 -min_qual_mean 30  -ns_max_n 5 -trim_tail_right 15 -trim_tail_left 15 -out_good /proj/forhot/qfiltered/looptest/$i_filtered.fastq -out_bad null; done

代码本身似乎工作正常，我可以在我的终端中看到它正在使用正确的文件，并且正在进行修剪（它正在终端中编写摘要日志），但没有生成输出文件-即以下文件：

-out_good /proj/forhot/qfiltered/looptest/$i_filtered.fastq

如果我以非循环方式运行代码，它只在一个文件上工作（=生成输出）。链接此示例：

prinseq-lite.pl -fastq 60782_merged_rRNA.fastq -min_len 220 -max_len 240 -min_qual_mean 30  -ns_max_n 5 -trim_tail_right 15 -trim_tail_left 15 -out_good 60782_merged_rRNA_filt_codeTEST.fastq -out_bad null

---

有一个简单的原因/答案吗？

这个问题与Perl没有任何关系

/proj/forhot/qfiltered/looptest/$i_filtered.fastq

被shell读取为插入

i_filtered

的内容。没有这样的shell变量，因此此参数将变为

/proj/forhot/qfiltered/looptest/.fastq

（

$i_filtered

将变为零）

因此，所有的

prinseq lite.pl

执行都将其输出放在同一个文件中，该文件（因为其名称以

开头）是“隐藏的”：您需要使用

ls-a

来查看它，而不仅仅是

ls

修理

请注意，这将为输入文件

60782\u merged\u rRNA.fastq\u filtered.fastq

提供例如

60782\u merged\u rRNA.fastq

。如果您想消除重复的

.fastq

部分，您需要如下内容：

... -out_good /proj/forhot/qfiltered/looptest/"${i%.fastq}"_filtered.fastq

---

“如果我以非循环方式运行代码”-您使用的确切命令行是什么？您好，我编辑了post，包括有效的代码行-这就是您的意思吗？@melpomene我想她在单个文件上运行它，而不是

$I

EDIT：我看到它被编辑了。@Mathilde是的，这就是他问的：）@GerhardBarnard是的，但如何操作？从编辑中，您可以看到

-out\u file

参数完全不同（例如，no

\u filtered

）。你们太棒了非常感谢。虽然我无法使“.fastq”的减少生效，但这确实是一件小事。

... -out_good /proj/forhot/qfiltered/looptest/"${i%.fastq}"_filtered.fastq