Perl 为什么我只能写输出中的最后一行？

我有这段代码，但在我的输出文件中，它只写最后的结果。我错过了什么

#!/usr/bin/perl

use strict;
use warnings;

print "type in the name of a file\n";
my $fasta_file = <STDIN>;
chomp ($fasta_file);

open (FASTA, $fasta_file) or die "error $!";

my $fasta = "";

while (my $line = <FASTA>) {
    $fasta .= $line; }


my @seq = split (/\>/s, $fasta);

for (my $i=0; $i<@seq; $i++) {
    my $sequence = $seq[$i];
    next if $sequence eq '';

..

    my $perc_GC = ((($G + $C) / $size) *100);
    print "$perc_GC% GC\n";

    open(OUTFILE, "> $fasta_file") or die "\nCould not create file ;/";

        print OUTFILE "$perc_GC% GC\n";

};
};

close (FASTA);
close(OUTFILE);
exit;

输出

cel-mir-39 MI0000010 50%隐杆线虫GC

---

另外，它没有在我的输出文件上写入头。

问题是，您正在为循环打开内部的

输出文件，这是一个在基上迭代的循环。这会删除任何已经写入的内容，每次都会打开一个新的空文件，这不是您想要的。在开始处理输入数据之前，只需打开一次输出文件

您的头不会打印到文件中，因为您只使用
print“$header\n”
将其打印到标准输出。即使输出文件工作正常，重复打开输出文件也会将其删除

您还需要将基础计算移到内部循环之外。这个循环所要做的就是扫描碱基并计算Gs和Cs。在计算总数之前，不应输出任何内容

您可能更喜欢重写您的程序，它更简洁，更好地遵循最佳实践。它还解决了将序列头打印到输出的问题

#!/usr/bin/perl

use strict;
use warnings 'all';

print 'Enter the name of the FASTA file: ';
my $fasta_file = <STDIN>;
chomp $fasta_file;
print "\n";

(my $out_file = $fasta_file) =~ s/\.fasta$/.gc/ or die "File name must end in .fasta";
open my $out_fh, '>', $out_file or die qq{Unable to open "$out_file" for output: $!};

my $fasta = do {
    open my $fh, '<', $fasta_file or die qq{Unable to open "$fasta_file" for input: $!};
    local $/;
    <$fh>;
};

for my $sequence ( split />/, $fasta ) {

    next unless $sequence =~ /\S/;

    my ( $header, $dna ) = split /\n/, $sequence,  2;
    $dna =~ s/\s//g;

    my %bases;
    ++$bases{$_} for split //, $dna;

    for my $fh ( \*STDOUT, $out_fh ) {
        printf $fh "%s %.1f%% GC\n",
            $header,
            ( $bases{G} + $bases{C} ) / length($dna) * 100;
    }
}

问题在于，您正在内部
for
循环中打开输出文件，该循环在基上进行迭代。这会删除任何已经写入的内容，每次都会打开一个新的空文件，这不是您想要的。在开始处理输入数据之前，只需打开一次输出文件

您的头不会打印到文件中，因为您只使用
print“$header\n”
将其打印到标准输出。即使输出文件工作正常，重复打开输出文件也会将其删除

您还需要将基础计算移到内部循环之外。这个循环所要做的就是扫描碱基并计算Gs和Cs。在计算总数之前，不应输出任何内容

您可能更喜欢重写您的程序，它更简洁，更好地遵循最佳实践。它还解决了将序列头打印到输出的问题

#!/usr/bin/perl

use strict;
use warnings 'all';

print 'Enter the name of the FASTA file: ';
my $fasta_file = <STDIN>;
chomp $fasta_file;
print "\n";

(my $out_file = $fasta_file) =~ s/\.fasta$/.gc/ or die "File name must end in .fasta";
open my $out_fh, '>', $out_file or die qq{Unable to open "$out_file" for output: $!};

my $fasta = do {
    open my $fh, '<', $fasta_file or die qq{Unable to open "$fasta_file" for input: $!};
    local $/;
    <$fh>;
};

for my $sequence ( split />/, $fasta ) {

    next unless $sequence =~ /\S/;

    my ( $header, $dna ) = split /\n/, $sequence,  2;
    $dna =~ s/\s//g;

    my %bases;
    ++$bases{$_} for split //, $dna;

    for my $fh ( \*STDOUT, $out_fh ) {
        printf $fh "%s %.1f%% GC\n",
            $header,
            ( $bases{G} + $bases{C} ) / length($dna) * 100;
    }
}

解释OP为什么不能按预期工作可能很有用。@123:是的。本来应该是在池上的帖子之外解释的，但他现在删除了。我已经写了更多的文字。这可能有助于解释为什么OP没有按预期工作。@123：是的。本来应该是在池上的帖子之外解释的，但他现在删除了。我还写了一些字