Perl 使用while循环和读取PDB文件时出错$_

我对Perl不是很熟悉，但我正在尝试让其他人编写的一些旧代码正常工作。代码的目标是在以file.pdb结尾的输入文件上运行名为stride的程序。它应该获取目录中的所有.pdb文件，运行stride并创建输出文件。我知道stride程序是独立运行的，但是当我尝试运行代码时，我得到了以下错误：“错误读取PDB文件_file.PDB”。在其他类似的代码中，我得到了更具体的错误“全局符号”$original_filename“需要显式的包名”。我想我已经把问题缩小到代码对$的使用上了。如果您能帮助我解释为什么这段代码不再有效，以及更新后的版本会是什么样子，我将不胜感激。谢谢（注意，use strict和warnings是散列出来的，因为它不是原始代码的一部分）

#/usr/bin/perl
#严格使用；
#使用警告；
while（）{
咀嚼；
我的$input=“$”文件.pdb”；
my$output=“$”.stride”；
my$command=“stride”。“$input-f”。“$output”。“-cA”；
系统（$指挥）；
}
短语
while（）
读取命令行中所有文件的每一行

代码似乎与文件名一起工作，文件名位于
@ARGV
中，因此最简单的更改是

foreach (@ARGV) { ... }

现在，循环体中的
$\uu
一次有一个文件名（或者命令行上提供给程序的任何文件名）

请参见
中的“空文件句柄”
，您的任务真的需要perl吗？
请尝试此shell命令：

for name in file1 file2 file3; do stride ${name}_file.pdb -f ${name}.stride -cA; done

或

谢谢你的帮助！如果我使用perl run_stride.pl*_file.pdb从命令行运行它，现在似乎可以工作了：

#!/usr/bin/perl
use strict;
use warnings;


foreach(@ARGV){
    chomp;
        my $input = "$_";
        my $output = "$_".".stride";
        my $command = "stride "."$input -f"."$output"." -cA";
        system($command);
}

如何运行此代码？该代码无法引发错误
全局符号“$original_filename”需要显式包名，因为其中不存在此类变量。最有可能的是，您调用的任何脚本（
stride
？）都会引发该错误。检查
system（）
命令是否独立运行。我正在使用perl run\u stride.pl从终端运行它。打印出
$command
以准确查看
系统运行的内容。然后复制粘贴它（从这个程序的输出）到终端并手动运行它。你给它什么输入？可能是
$\uuu
结尾的回车，而不是被
chomp
？@Corion删除。对，这可能是一件事。首先，我猜代码作者误解了
while（）
的功能。谢谢您的回复。这似乎更好一些，因为错误已经消失，但是它仍然没有生成名为output_file.pdb的输出文件。@curd我们没有信息来了解这是怎么回事。对于第一步，我建议：添加print语句以查看实际拥有的内容——例如，在
system
之前打印
$command
，然后查看它。如果它看起来很好，那么复制粘贴它，以便在终端中手动运行它。
for name in ./*_file.pdb; do stride "${name}" -f "${name:0:-9}.stride" -cA; done

#!/usr/bin/perl
use strict;
use warnings;


foreach(@ARGV){
    chomp;
        my $input = "$_";
        my $output = "$_".".stride";
        my $command = "stride "."$input -f"."$output"." -cA";
        system($command);
}