我可以用php解析hg19.2吗?

我可以用php解析hg19.2吗?,php,parsing,genome,Php,Parsing,Genome,我知道这对php来说可能是一个模糊的用法,但我正在研究一个想法,以一种相当有趣的方式导航人类基因组 问题是我需要知道我是否可以编写一个php脚本来解析免费可用的数据,如果可以,我将如何开始?有没有php脚本可以执行此操作?我建议创建一个数据库设计(MySQL),其中包含您希望在php应用程序中探索的数据子集 然后找到将数据上传到该数据模式的方法。对于上传部分,您可以使用比您选择的PHP更强大的语言,可以是C#、F#、Haskell或其他任何语言 这种分离将有助于简化工作,而不仅仅是在PHP中完成

我知道这对php来说可能是一个模糊的用法,但我正在研究一个想法,以一种相当有趣的方式导航人类基因组


问题是我需要知道我是否可以编写一个php脚本来解析免费可用的数据,如果可以,我将如何开始?有没有php脚本可以执行此操作?

我建议创建一个数据库设计(MySQL),其中包含您希望在php应用程序中探索的数据子集

然后找到将数据上传到该数据模式的方法。对于上传部分,您可以使用比您选择的PHP更强大的语言,可以是C#、F#、Haskell或其他任何语言


这种分离将有助于简化工作,而不仅仅是在PHP中完成所有工作。

您必须为此编写一个解析器,但这应该相当简单:


还有一个Perl示例:

“Can”?当然几乎任何图灵完备语言都可以编写解析器,这不是php应用程序,其思想当然是将数据存储在mySQL之类的数据库中。问题是我如何使用php解析HG19.2bit文件。我已经做到了,但还没有完全做到。我可能可以在php中使用
unpack()
,但文件大小接近800MB。您可能需要从php Reader项目中查看Zend IO Reader。我自己还没有玩过,但听起来它会起作用:而且