如何在php中运行命令行函数

我在php中从命令行运行程序时遇到一些问题。每当我在命令行中运行程序时，都会创建正确的文件，并且它工作得非常好。但是，当我把它放在php中并使用exec（）函数时，什么都没有发生

最后，我希望用户能够选择他想要在外部程序上运行的参数，但现在我只是尝试在…中使用硬编码的值来运行它

下面是我用来从命令行运行程序的命令及其参数

 [path1] -p blastp -d [parameter1] -i [path2] -e [parameter2] -m 9 -o [path3]

 where [path1] is the path to ../blast-2.2.26/bin/blastall, 
       [path2] is the path to sample.fasta
       [path3] is the path for the output file (you may want to create another folder for generating the output)
       [parameter1] is the name of database chosen by the user from your page (eg. Human.db, Viruses.db, etc)
       [parameter2] is the E-value given by the user from your page(eg. 0.0001, 1, 1000, etc)

我将在命令行中键入的实际代码是

~/blast/blast-2.2.26/bin/blastall -p blastp -d db -i ~/temp/sample.fasta -m 9 -o output'

这是到目前为止我的代码

<form method="POST", action="/~cs4380sp15grp4/home/blast.php">

<select id="database" name="database">
    <option selected="selected" disabled="disabled">Database</option>
    <option value="Archaea">Archaea</option>
    <option value="Bacteria">Bacteria</option>
</select>

<select id="evalue" name="evalue">
<option selected="selected" disabled="disabled"> evalue <option>
    <option value="0.0001">0.0001</option>
    <option value="0.001">0.001</option>
</select>

<select id="hits" name="hits">
    <option selected="selected" disabled="disabled"> Hits</option>
    <option value="50">50</option>
</select>

<input id="BlastSearch" type="text" name="BlastSearch" value='' />
<input type="submit" name="submit" value="submit" />
<button type="reset" value="Clear">Clear</button>
</form>
<?php
    session_start();
    require_once '../secure/database.php';
    $mysqli = new mysqli($dbhost,$dbuser,$dbpass,$dbname);

    if($mysqli->connect_error){
            exit('CON Error: ' . $mysqli->connect_errno . ' ' . $mysqli->connect_error);
    }

    //Insert the values into the database

    if(isset($_POST['submit'])){


            $db = $_POST['database'];
            $evalue = $_POST['evalue'];
            $sequence = $_POST['BlastSearch'];

            $mysqli->query("INSERT INTO `Job` (`uid`, `input`, `status`, `start_time`, `finish_time`) VALUES ('1', '" . $sequence . "', 'running' , NOW(), NULL)");

        $mysqli->query("INSERT INTO `BLAST`(`database`, `evalue`, 'job_id') VALUES ('" . $db . "','" . $evalue . "', `1`)") or die(mysqli_error($db));

             exec(' /students/groups/cs4380sp15grp4/blast/blast-2.2.26/bin/blastall -p blastp -d db -i /students/groups/cs4380sp15grp4/temp/sample.fasta -m 9 -o /students/groups/cs4380sp15grp4/temp/output');
    }



//    print "Connected! Host info: " . $mysqli->host_info . "<br>\n";
    $mysqli->close();

?>

数据库
古菌
细菌
评估
0.0001
0.001
击打
50
清楚的
使用完整路径，即…：

   exec(' /full/path/to/blast/blast-2.2.26/bin/blastall -p blastp -d db -i /full/path/to/temp/sample.fasta -m 9 -o output');
    }

~
是当前活动用户的主文件夹。Php脚本由用户执行
www-data
，主文件夹为
/var/www

要解决此问题，请使用完整路径。例如：

exec(' /home/username/blast/blast-2.2.26/bin/blastall -p blastp -d db -i /home/username/temp/sample.fasta -m 9 -o output');

在您的情况下，您可能希望使用您作为谁运行服务器？您以谁的身份从命令行运行代码？什么是~/blast/blast-2.2.26/bin/blastall的权限和所有权？我有正确的权限。虽然命令在PHP内部运行，而PHP又在web服务器内部运行，但需要权限的不是您，而是web服务器。因为这看起来像一个共享的大学系统，所以可能还有其他的安全配置。您是否尝试过运行一个非常简单的命令，只是为了证明
exec
能够正常工作？（调试的第一个技巧：分解问题以消除问题。此处发布的代码在
exec
行之外有很多东西，可能与问题无关。去掉它！）添加
>/var/www/log.txt
，将命令输出重定向到文件。打开该文件以获取有关问题的更多信息。只需重新放置
exec
行：
exec（'/home/username/blast/blast-2.2.26/bin/blastall-p blastp-d db-i/home/username/temp/sample.fasta-m 9-o输出>/var/www/log.txt'）（并删除命令前的空格）好的，谢谢，我会尝试一下。这有什么用？我找不到此文件在
/var/www/log.txt
中应该有一个文件，其中包含您的命令生成的所有输出。如果没有，您可以尝试使用echo exec（xy）