Php R扩展：在包中调用外部脚本

我正在编写一个R包，其中定义了一个函数，它实际上是PHP脚本的包装器。让我们假设PHP脚本提供了一些在R中很难重新创建的功能，并且我的推理（在R中包装PHP脚本）是有意义的

我目前将PHP脚本保存在一个单独的文件中，并通过系统调用运行它

我的R函数/包装器如下所示：

wrapper <- function() {

  # I'm not entirely sure what the path to the PHP file should be
  php_file_name <- "magic_in.php"
  php_script_argument <- "hello, world"

  system_call <- sprintf('php -f "%s"', php_file_name, php_script_argument)
  system(system_call)

}

但是这个解决方案很糟糕——只有在当前工作目录中有PHP脚本时，系统调用才会起作用

我将包装器保存在一个

~/simple\u package/R/wrapper.R

文件中，但我不确定将PHP脚本存储在哪里

---

我是否应该将PHP文件保存在

~/simple\u package/src

目录中，然后使用一些专用的R函数调用它（例如

.call

用于C可执行文件）？

有很多方法可以做到这一点。您可以将函数硬编码到脚本中，将其写入文件，通过带有参数的函数

包装器运行它（创建文件时路径是隐式的），然后进行清理

更好的方法可能是将脚本放入
/data
，并通过
？system.file
调用它。有多种方法可以做到这一点。您可以将函数硬编码到脚本中，将其写入文件，通过带有参数的函数
包装器运行它（创建文件时路径是隐式的），然后进行清理

更好的方法可能是将脚本放入
/data
并通过
？system.file调用它
可能
/data
不是包脚本的最佳选择，
/exec
可能是更好的选择

见：




你也可以考虑使用<代码> Stult2：




对于某些语言（Python），CRAN中有一些特殊的支持





例如（使用
system
和
system.file
）：




它由外部R脚本命令行执行：

#!/bin/env Rscript

args <- commandArgs(TRUE)
if( length(args) < 2 ){
    stop( "usage : R CMD execute package script [parameters]\n" )
}
package <- args[1]
script <- args[2]
scriptfile <- file.path( system.file( "exec", script, package = package ) ) # <= path
if( !file.exists( scriptfile ) ){
    stop( sprintf( "file not found: '%s' ", scriptfile  ) )
}

trail <- if( length(args) > 2 ) paste( tail( args, -2 ), sep = " " ) else ""
cmd <- sprintf( '"%s" %s', scriptfile, trail )

system( cmd ) # <= or system2 ...

#/bin/env Rscript
args可能
/data
不是包脚本的最佳选择，
/exec
可能是更好的选择

见：




你也可以考虑使用<代码> Stult2：




对于某些语言（Python），CRAN中有一些特殊的支持





例如（使用
system
和
system.file
）：




它由外部R脚本命令行执行：

#!/bin/env Rscript

args <- commandArgs(TRUE)
if( length(args) < 2 ){
    stop( "usage : R CMD execute package script [parameters]\n" )
}
package <- args[1]
script <- args[2]
scriptfile <- file.path( system.file( "exec", script, package = package ) ) # <= path
if( !file.exists( scriptfile ) ){
    stop( sprintf( "file not found: '%s' ", scriptfile  ) )
}

trail <- if( length(args) > 2 ) paste( tail( args, -2 ), sep = " " ) else ""
cmd <- sprintf( '"%s" %s', scriptfile, trail )

system( cmd ) # <= or system2 ...

#/bin/env Rscript
真管用！与我最初尝试的
src
目录不同，
data
目录是“持久的”（复制到包的安装目录中）。它工作了！与我最初尝试的
src
目录不同，
data
目录是“持久的”（复制到软件包的安装目录）。实际上，这更合适。似乎
脚本
目录（文件夹？）在Windows中不是持久的。但是
exec
（正如hute37在他的回答中所建议的那样）目录/文件夹是持久的。我对此进行了测试，似乎没有，不是所有的二级目录都是持久的，即使它们不是空的。事实上，这更合适。似乎
脚本
目录（文件夹？）在Windows中不是持久的。但是
exec
（正如hute37在他的回答中所建议的）目录/文件夹是持久的。我对此进行了测试，似乎不是所有的二级目录都是持久的，即使它们不是空的。