Plot Biopython中的勾号和特征标签

使用以下最小代码

from Bio.Graphics import GenomeDiagram
from Bio.SeqFeature import SeqFeature, FeatureLocation

gdd = GenomeDiagram.Diagram('Construct Diagram')
construct_track = gdd.new_track(1, scale=True, scale_format="SInt", scale_smalltick_interval=10, scale_largetick_interval=100, scale_ticks=True, start=0, end=2222)
track_features = construct_track.new_set()

feature = SeqFeature(FeatureLocation(50,100, strand=+1))
track_features.add_feature(feature, name="my feature name", label=True, label_angle=30)

feature2 = SeqFeature(FeatureLocation(500,550, strand=-1))
track_features.add_feature(feature2, name="my feature name", label=True, label_angle=30)

gdd.draw(format="linear", fragments=1, start=0, end=2222)
gdd.write("test.png", "PNG")

我得到了以下（可怕的）数字：

现在，图形外观可以调整到我满意的程度，但有两个显著的例外：

• 我无法正确设置刻度标签（1Kbp和2kbp之间的所有主要刻度读数仅为“1Kbp”-我会选择1100或1.1Kbp）
• 我无法使第二个特征的标签与第一个特征的标签一致（当前文本是朝上向下的，如果我将角度更改为210，它将开始延伸到轨迹中，而不是从轨迹中向外延伸（参见下图）

---

你能帮我吗？

这里有一些资源：

看起来至少有几个选项可以供您选择：

勾选标签

• 我无法正确设置刻度标签（例如，1Kbp和2kbp之间的所有主要刻度读数仅为“1Kbp”-我会接受这两种情况 1100或1.1Kbp）

如果您在调用

gdd.new\u track（）

（或不使用该参数）时使

scale\u format=None

，您将得到1100，以此类推

功能标签

• 我无法使第二个特征的标签与第一个特征的标签一致（当前文本是上下的，如果我 将角度更改为210，它将开始向内延伸而不是向外延伸 从轨道（参见下图）

您可以尝试将

label\u position=“end”

传递到

轨迹特征。添加轨迹特征（）

。如果将其与210的角度相结合，至少不会使其从轨迹向外延伸，尽管它会上升到绿色阴影区域。也许这对您来说是可以接受的

---

在您的示例中，将这两者结合在一起：

从Bio.Graphics导入GenomeDiagram
从Bio.SeqFeature导入SeqFeature，FeatureLocation
gdd=GenomeDiagram.Diagram（'构造图'）
构造轨道=gdd。新建轨道（1，比例=真，比例格式=无，比例小刻度间隔=10，比例大刻度间隔=100，比例刻度=真，开始=0，结束=2222）
track\u features=构造\u track.new\u set（）
特征=序列特征（特征位置（50100，绞线=+1））
跟踪要素。添加要素（要素，name=“我的要素名称”，label=True，label\u angle=30）
feature2=SeqFeature（FeatureLocation（500550，绞线=-1））
跟踪要素。添加要素（要素2，name=“我的要素名称”，label=True，label\u angle=210，label\u position=“end”）
gdd.draw（format=“linear”，片段=1，开始=0，结束=2222）
write（“test.png”、“png”）

以下是一些参考资料：

看起来至少有几个选项可以供您选择：

勾选标签

• 我无法正确设置刻度标签（例如，1Kbp和2kbp之间的所有主要刻度读数仅为“1Kbp”-我会接受这两种情况 1100或1.1Kbp）

如果您在调用

gdd.new\u track（）

（或不使用该参数）时使

scale\u format=None

，您将得到1100，以此类推

功能标签

• 我无法使第二个特征的标签与第一个特征的标签一致（当前文本是上下的，如果我 将角度更改为210，它将开始向内延伸而不是向外延伸 从轨道（参见下图）

您可以尝试将

label\u position=“end”

传递到

轨迹特征。添加轨迹特征（）

。如果将其与210的角度相结合，至少不会使其从轨迹向外延伸，尽管它会上升到绿色阴影区域。也许这对您来说是可以接受的

---

在您的示例中，将这两者结合在一起：

从Bio.Graphics导入GenomeDiagram
从Bio.SeqFeature导入SeqFeature，FeatureLocation
gdd=GenomeDiagram.Diagram（'构造图'）
构造轨道=gdd。新建轨道（1，比例=真，比例格式=无，比例小刻度间隔=10，比例大刻度间隔=100，比例刻度=真，开始=0，结束=2222）
track\u features=构造\u track.new\u set（）
特征=序列特征（特征位置（50100，绞线=+1））
跟踪要素。添加要素（要素，name=“我的要素名称”，label=True，label\u angle=30）
feature2=SeqFeature（FeatureLocation（500550，绞线=-1））
跟踪要素。添加要素（要素2，name=“我的要素名称”，label=True，label\u angle=210，label\u position=“end”）
gdd.draw（format=“linear”，片段=1，开始=0，结束=2222）
write（“test.png”、“png”）

遗憾的是，这两个建议中的后一个甚至比当前的解决方案更糟糕。你知道我如何使它从轨道向外延伸（意思是进一步向下）？此外，如果有这样的选择，我更喜欢用1.1Kbp来表示我的刻度，而不是1100。我阅读了文档，但没有一个是特别明显的。遗憾的是，两个建议中的后一个比当前的解决方案更糟糕。你知道我如何使它从轨道向外延伸（意思是进一步向下）？此外，如果有这样的选择，我更喜欢用1.1Kbp的符号来表示我的刻度，而不是1100。我阅读了文档，但这些都不是特别明显的。