Python 2.7 如何计算生物密码子的密码子使用偏差（RSCU）

我希望使用CodonUsage模块计算给定序列的RSCU值。在CodonUsage（）的源代码中，RSCU值在函数generate_index内计算，该函数位于类CodonAdaptionIndex内（RSCU在第101行计算）。如何访问生成索引？另外，我如何让我的脚本访问我的序列（到目前为止，它们都是.txt上的FASTA格式）

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感谢阅读

您可以通过如下方式导入函数并生成CodonAdaptionIndex对象来访问该函数：

from Bio.SeqUtils import CodonUsage as CU

myIndex = CU.CodonAdaptationIndex()
myIndex.generate_index("/path/to/myFastaFile")

从文档中可以看出，FASTA格式化的文件非常适合使用。

对于Python 3+，请尝试该软件包，该软件包包含一个可以处理备用遗传代码的函数：

from CAI import RSCU

RSCU("GATACAGTAGAC")

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谢谢据我所知，这似乎是可行的。你知道如何检索输出吗？@ZoeYiasemides结果应该存储在

myIndex.index

中，你可以用

myIndex.print_index（）

从这个方法得到的不是RSCU值，而是“相对适应性”，这是一种标准化的RSCU值（见Sharp 1987年的论文）。