Python 2.7 如何使用twobitreader包将hg19.bit文件转换为hg19.fa文件?
我已经下载了hg19.2bit文件,并将其保存在D驱动器中。我已经在windows上的python软件中导入了twobitreader包。现在,任何人都可以帮助我如何在python代码中使用该包,以便将hg19.2bit转换为hg19.fa文件 我尝试的示例代码是Python 2.7 如何使用twobitreader包将hg19.bit文件转换为hg19.fa文件?,python-2.7,Python 2.7,我已经下载了hg19.2bit文件,并将其保存在D驱动器中。我已经在windows上的python软件中导入了twobitreader包。现在,任何人都可以帮助我如何在python代码中使用该包,以便将hg19.2bit转换为hg19.fa文件 我尝试的示例代码是 import twobitreader def get_a(n): genome = twobitreader.TwoBitFile('hg19.2bit') bedfile = open(n+'.bed', 'r')
import twobitreader
def get_a(n):
genome = twobitreader.TwoBitFile('hg19.2bit')
bedfile = open(n+'.bed', 'r')
o_f = open(n+'_FASTA.fa', 'w')
twobitreader.twobit_reader(genome, bedfile,o_f.write)
bedfile.close()
o_f.close()
我从网上取得了上述文件。我已将上述文件保存在sample.py中。当我执行程序时,没有打印任何内容,也没有生成fasta文件。
有人能帮我写完整的代码或如何编写转换代码。你真的在调用
get_a(n)
函数吗?是的,我用过def get_a(n):在我的程序中,“使用def get_a(n)”是什么意思?听起来你只是在定义;如果你叫它,你会说“使用get_an('name')”。您是否尝试过通过添加print
语句来调试该函数?以下是我在您建议导入twobitreader def get_a(n)后使用的修改代码:“使用get_a('n')”genome=twobitreader.TwoBitFile('hg19.2bit')bedfile=open(n+'.bed','r')o_f=open(n+''u FASTA.fa',w'))打印bedfile twobitreader.twobitreader(基因组,bedfile,o_f.write)bedfile.close()o_f.close()。但我仍然没有得到任何东西打印。你能帮我介绍一下用python将hg19.bit文件转换成fasta文件的完整代码吗?请更新你问题中的代码,不要在注释中(几乎没有格式)。并显示您也调用了该函数。