Python 3.x Snakefile中的多个命名输入

我想制作一个如下所示的管道：

为每个数据集提取一些特征

列出所有功能的唯一列表

从所有原始数据集中提取唯一列表

这是一个基本的例子，我在哪里

input_dict = {"data1": "/path/to/data1", "data2": "/path/to/data2"}

rule all:
    input: 
        expand('data/{dataset}.processed', dataset=input_dict.keys())

rule extract_master:
    output:
        'data/{dataset}.processed'
    input:
        master = rules.master_list.output, dataset = lambda wildcards: input_dict[wildcards.dataset]
    shell:
        "./extract_master.py --input {input.dataset} --out {output} --master {input.master}"

rule master_list:
    output:
        'data/master.txt'
    input:
        expand('data/{dataset}.chunk', dataset=input_dict.keys())
    shell:
        './master_list.py --input {input} --output {output}'

rule get_chunk:
    input:
        lambda wildcards: input_dict[wildcards.dataset]
    output:
        'data/{dataset}.chunk'
    shell:
        "./get_chunk.py --input {input} --output {output}"

我得到一个错误：

'Rules' object has no attribute 'master_list'

我不知道如何指定两个命名的输入，其中每个输入不是一个简单的字符串。如果有语法可以用于

extract\u master

规则中的

input

部分来解决这个问题，那就太好了。否则，任何关于更好方法的想法都会被欣然接受

重要的是，请注意，此处引用规则a需要在文件中规则b的上方定义规则a，因为对象必须是已知的。此功能还允许解决使用文件名时不明确的依赖关系

也就是说，在您的示例中，

rule master\u list

应该在

rule extract\u master

之前定义

重要的是，请注意，此处引用规则a需要在文件中规则b的上方定义规则a，因为对象必须是已知的。此功能还允许解决使用文件名时不明确的依赖关系

也就是说，在您的示例中，

rule master\u list

应该在

rule extract\u master

之前定义