如何在Python中通过for循环传递列表列表？

我有一份清单：

sample = [['TTTT', 'CCCZ'], ['ATTA', 'CZZC']]
count = [[4,3],[4,2]]
correctionfactor  = [[1.33, 1.5],[1.33,2]]

我计算每个字符的频率（pi），将其平方，然后求和（然后我计算het=1-sum）

问题是：我不知道如何在这个循环中传递列表列表（sample，count）来提取所需的值。我以前只使用此代码传递了一个列表（例如

['TACT'，'TTTT'..]

）

• 我怀疑我需要添加一个更大的for循环，它对sample中的每个元素进行索引（即

  sample[0]=['TTTT'，CCCZ']

  和

  sample[1]=['ATTA'，CZZC']

  。我不确定如何将其合并到代码中

** 代码

list\u of\u hets=[]
对于idx，枚举中的元素（示例）：
count_dict={}
平方dict={}
对于列表中的基（元素）：
如果计数中的基数为：
计数dict[base]+=1
其他：
计数dict[base]=1
对于计数中的等位基因：#计算每个字符的频率
square_freq=（count_dict[等位基因]/count[idx]）**2#频率平方
等位基因
pf=0.0
对于方括号中的i：
pf+=square_dict[i]#pf-->pi^2+pj^2…pn^2#对频率求和
het=1-pf
附加（het）的列表
打印HET的列表
“失败”输出：
第70行，输入
square_freq=（count_dict[等位基因]/count[idx]）**2
TypeError:不支持/：'int'和'list'的操作数类型

我不完全清楚如何处理数据中的“Z”项，但这段代码复制了中示例数据的输出

输出

{'A': 2, 'T': 2}
{'A': 1, 'T': 2, 'G': 1}
{'A': 1, 'C': 1, 'T': 2}
{'A': 1, 'T': 3}
[[0.5, 0.625], [0.625, 0.375]]

使用collections.Counter而不是

count\u dict

可以进一步简化此代码

顺便说一句，如果不在'ACGT'中的符号总是'Z'，那么我们可以加快

计数的计算。去掉
base=set（'ACGT'）
并进行更改

count = sum(1 for u in seq if u in bases)

到

错误消息准确地告诉您出了什么问题。：/code>square\u freq=（count\u dict[allege]/counts[idx]）**2

正在引发

类型错误：不支持的操作数类型对于/：“int”和“list”

。不能将

int

除以

list

。顺便说一下，这与您编写的代码不匹配，当您尝试将

counts[idx]

传递到

float

时，可能会引发另一个

TypeError

。我正在尝试使用类似

square\u freq=[[n/d表示n，d在zip中（subq，subr）]表示subq，subr在zip中（count_dict[allege]，counts）]

。但我仍然有错误。还有其他建议吗？@PM2Ring我已经更正了。感谢你指出了什么是subq，subr？？？此外，我还编辑了这个问题以突出真正的问题（我在排除故障时意识到了这一点）我的最终输出必须是

[[0.5,0.625]，[0.625,0.375]]

，因为我需要能够区分set1（['ATTA'，'TTGA']）和set2['TTCA'，'TTTA']中的第一个元素。另外，不要担心“Zs”，我已经找到了处理它的方法：）@biogeek：这很容易做到。请看我答案的新版本。另外，我不想使用一个函数将列表转换为嵌套列表“外部”（像这样）。这只是一个示例数据，我需要能够根据用户指定的输入进行“拆分”（列表列表）（例如，如果它是[[AA'，'TT'，'GG']，['GG'，'CC'，TC']），[AA'，'TT'，'GG']..最终输出应该有[[1,2,3]，[1,2,3]，[1,2,3]，]）非常感谢！我一直在努力解决这个问题。

from __future__ import division

bases = set('ACGT')
#sample = [['TTTT', 'CCCZ'], ['ATTA', 'CZZC']]
sample = [['ATTA', 'TTGA'], ['TTCA', 'TTTA']]

list_of_hets = []
for element in sample:
    hets = []
    for seq in element:
        count_dict = {}
        for base in seq:
            if base in count_dict:
                count_dict[base] += 1
            else:
                count_dict[base] = 1
        print count_dict

        #Calculate frequency of every character
        count = sum(1 for u in seq if u in bases)
        pf = sum((base / count) ** 2 for base in count_dict.values())
        hets.append(1 - pf)
    list_of_hets.append(hets)

print list_of_hets

{'A': 2, 'T': 2}
{'A': 1, 'T': 2, 'G': 1}
{'A': 1, 'C': 1, 'T': 2}
{'A': 1, 'T': 3}
[[0.5, 0.625], [0.625, 0.375]]

count = sum(1 for u in seq if u in bases)

count = sum(1 for u in seq if u != 'Z')