骨架图（python）坐标错误

我正在使用skeleton-to-csgraph（）分析我获得的骨架，该函数应该会将一些数据发送回我，其中包括矩阵[（N+1）x 2]中骨架所有点的所有坐标，其中N是点数。然而，有一种情况是，这个函数给了我一个坐标矩阵，但没有任何理由会有一些错误。 有人知道错误可能来自哪里吗

有关函数和包的更多信息，请参见此处：

对于grid，一个int32[200100]的数据数组，其值为1或0。此链接中的文件：

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如图所示，我获得了一个坐标的非整数值，如下步骤： 注意：我在jupyter笔记本上运行了这个，所以您将看到！安装开始时

!pip install git+https://github.com/jni/skan # install latest version github

加载数据并对其进行处理

import numpy as np
from skimage.morphology import medial_axis
from skan import skeleton_to_csgraph
from skan import _testdata
from skan import draw
from matplotlib import pyplot as plt
grid = np.load('grid.npy') # this is the file you shared through google drive

skeleton, distance = medial_axis(grid, return_distance=True)
graph, coordinates, degrees = skeleton_to_csgraph(skeleton)
fig, ax = plt.subplots()
draw.overlay_skeleton_networkx(graph,coordinates, image=skeleton,axis=ax)

fig, ax = plt.subplots()
draw.overlay_skeleton_2d(grid, skeleton, dilate=1, axes=ax);

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在某些特定情况下，函数

skeleton-to-csgraph（）

存在问题。但要克服此错误，以下代码提供了您应该得到的结果：

a = np.where(skeleton == 1 )
b = np.array([a[0], a[1]]).transpose()
coordinates = np.vstack(([0,0],b))

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对于skeleton，包含骨架图像和坐标的numpy数组，您应该使用

skeleton-to-csgraph（）获得结果

包含骨架点的所有坐标。

您遇到的问题是因为skan需要将连接像素折叠到其质心中，以生成连贯的图形。有关详细信息，请参阅。抱歉，这没有更好的记录。我已经提出了一个问题，以在将来改进这一点：

此问题也与此相关：坐标数组包含所有节点坐标，但也包含一些垃圾坐标：

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欢迎继续讨论github！请添加您的代码和完整的错误跟踪日志。谢谢我的错误来自我代码的另一部分，但这是由于我在这里描述的错误，函数骨架图应该给我发送一些它没有的东西。我在这里描述的错误不会产生错误，这是matterI在这个平台上是新出现的，我不知道如何与您共享导致此错误的输入当我运行时，我能够获得图形，最终能够生成图像

draw.overlay\u skeleton\u networkx（图形，坐标，图像=骨架，轴=ax）

和在坐标中接收的值，且均不为零。图像是你的目标吗？我想要下一个只有整数值的坐标矩阵，你可以在坐标矩阵325行中查看吗？因为它在那里，我有两个我不应该有的值（不是整数的值）！我也可以运行和绘制这个，但奇怪的是，坐标矩阵中没有整数值，我们应该只有整数，因为它指的是矩阵中的位置，所以如果我想处理这个数据（坐标），我不能，因为这个错误，这些是值（float-[115.33333333 11.33333333]）都是基于网格的。如果你想覆盖它，你可以做坐标[325]=[115,11]，然后把它输入到下一个处理中。我有一个解决方案来克服这个问题：a=np.where（skeleton==1）/b=np.array（[a[0]，a[1]]）。transpose（）/coordinates=np.vstack（[0,0]，b））/但是我们一致认为这个函数有问题！它不应该返回浮点值great！由于这是skan的lib，请查看您是否可以与lib的作者一起记录问题。我将拭目以待。感谢您的时间和确认。：）谢谢你的回答！我会在github上检查，我以前没有检查过，我也没有去的反射。但是如果我能很好地理解，获得这个错误值是不正常的？它应该是索引而不是浮点坐标？不，它们是节点坐标，它们可以是浮点（“亚像素”）。但有时我也会获得两次坐标（在我的第一篇文章/问题中，是节点328），这也正常吗？也正常，只是不太正常

a = np.where(skeleton == 1 )
b = np.array([a[0], a[1]]).transpose()
coordinates = np.vstack(([0,0],b))