Python 在文件中搜索同一字符串两次并分别打印

我是一个初级python程序员，有一个搜索问题。我需要在DNA文件中找到一串DNA。问题是我不知道字符串在文件中出现的位置，它出现了两次，我需要知道两个位置。我当前的程序只能找到第一个字符串，我很难让它继续搜索第二个字符串。我的两个想法都失败了，但我认为这只是因为我不知道如何使用这些函数。这是：

使用.seek（）查找我需要的第一个DNA字符串，并将其设置为第二次搜索的起点。我的问题是我不知道DNA字符串的确切位置，所以我尝试将搜索位置设置为DNA字符串。但是，这不起作用，因为数据需要以字节为单位才能找到位置，而不是字符串。我尝试使用.index（）作为DNA字符串的位置，并将其设置为变量，但这也不起作用

在找到第一个DNA字符串后，使用.split（）拆分DNA文本文件，然后在断点的右半部分运行第二次搜索。我原以为这样做行得通，但最终我的错误是：

索引器：列表索引超出范围

具体来说，我正在编写.split（'str'）[1]来使用字符串的后半部分

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假设我的逻辑在程序中是正确的，这些方法会起作用吗？有没有人有不同的想法，他们认为我应该试试

您的文件有多大？如果长度不太长，您可以使用朴素的方法：

file = open("filename.text", r)
genome = file.read()
file.close()
genome_length = len(genome)
pattern = "ATCT" #or whatever your pattern is
pattern_length = len(pattern)
pattern_locations = []
for i in range(genome_length - pattern_length - 1):
    if pattern == genome[i:i+pattern_length]:
        pattern_locations.append(i)
return pattern_locations

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但是，如果基因组很长，则需要更复杂的算法才能在合理的时间内进行搜索（例如构建后缀树）

您的文件有多大？如果长度不太长，您可以使用朴素的方法：

file = open("filename.text", r)
genome = file.read()
file.close()
genome_length = len(genome)
pattern = "ATCT" #or whatever your pattern is
pattern_length = len(pattern)
pattern_locations = []
for i in range(genome_length - pattern_length - 1):
    if pattern == genome[i:i+pattern_length]:
        pattern_locations.append(i)
return pattern_locations

然而，如果基因组很长，则需要更复杂的算法，以便在合理的时间内进行搜索（例如构建后缀树）

我将您的问题理解为“我正在试图找到DNA子序列的位置”。以下示例是否代表您正试图实现的目标？如果我过分简化了你的问题，请告诉我，我可以修改

>>> import re
>>> dna = 'AGTCTCCCGGATTTGGATTTAA' #super short, but just for proof of concept
>>> subseq = 'ATTT' #sequence you want to find within dna
>>> for location in re.finditer(subseq, dna):
...     print 'start: %d end: %d' % (location.start(), location.end())

start: 10 end: 14
start: 16 end: 20

我把你的问题理解为“我正试图找到一个DNA子序列的位置。”下面的例子是否代表了你想要实现的目标？如果我过分简化了你的问题，请告诉我，我可以修改

>>> import re
>>> dna = 'AGTCTCCCGGATTTGGATTTAA' #super short, but just for proof of concept
>>> subseq = 'ATTT' #sequence you want to find within dna
>>> for location in re.finditer(subseq, dna):
...     print 'start: %d end: %d' % (location.start(), location.end())

start: 10 end: 14
start: 16 end: 20

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欢迎来到Stackoverflow。你能发布一下你的seek和split方法是如何使用的吗？您是否编写了seek和split，或者它们是现有API的一部分（生物信息学或其他）？（如果是前者，请邮寄。如果是后者，请告诉我们图书馆的名称。）欢迎来到Stackoverflow。你能发布一下你的seek和split方法是如何使用的吗？您是否编写了seek和split，或者它们是现有API的一部分（生物信息学或其他）？（如果是前者，请张贴。如果是后者，请告诉我们图书馆的名称。）