Python LEfSe-LDA得分'；垂直线

我在GoogleColab和Python2.7上使用以下命令

!conda install -c biobakery lefse 

!format_input.py hmp_aerobiosis_small.txt hmp_aerobiosis_small.in -c 1 -s 2 -u 3 -o 1000000 

!run_lefse.py hmp_aerobiosis_small.in hmp_aerobiosis_small.res 

!plot_res.py hmp_aerobiosis_small.res hmp_aerobiosis_small.png

一切正常，但勒夫斯的绘图中存在一个问题，即用实线而不是虚线绘制LDA分数的垂直线。下面是教程中的图像示例（左）和我看到的图像示例（右）

我正在检查

plot_res.py

的帮助，但是我找不到任何要修改的参数来生成类似的参数

我需要做什么才能显示网格的垂直虚线？

您需要更改

绘图分辨率py

脚本的设置：

ax.xaxis.grid(True)

对于此选项：

ax.xaxis.grid(linestyle='--', linewidth=0.8,
              dashes=(2, 3), color='gray', alpha=0.5)

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不确定，但如果我不得不猜测的话，我认为这与他们使用的Matplotlib版本不同于您在Conda env中使用的Matplotlib版本有关。Docker使用Matplotlib 1.5.1显示它，而Conda可能安装了2.x甚至3.x，因为这是一个无约束的要求。我会尝试限制Conda使用Matplotlib的版本1。或者你需要编辑他们的代码。