Python 查询集合

Python 查询集合,python,mysql,search,Python,Mysql,Search,是否可以使用自由形式的搜索词以编程方式(最好是python)查询所有Ensembl,类似于从web UI执行的操作?REST API似乎根本不支持搜索词查询,而其他直接与MySQL数据库交互的API,如PyCogent,一次只能查询一个物种(考虑到公共MySQL数据库的结构,这很有意义,但意味着向服务器发送40多个搜索所有物种的请求…) 我真正想要的是能够做到以下几点: session = Connect(Ensembl) matches_list = session.search("MyPet

是否可以使用自由形式的搜索词以编程方式(最好是python)查询所有Ensembl,类似于从web UI执行的操作?REST API似乎根本不支持搜索词查询,而其他直接与MySQL数据库交互的API,如PyCogent,一次只能查询一个物种(考虑到公共MySQL数据库的结构,这很有意义,但意味着向服务器发送40多个搜索所有物种的请求…)

我真正想要的是能够做到以下几点:

session = Connect(Ensembl)
matches_list = session.search("MyPetGene")

我怀疑这是不可能的,但我想在破解更复杂的东西之前,我会把它扔给互联网的集体大脑。

使用pymysql进行查询。。。这是一个代码示例,供希望查询ensembl数据库的人使用。我很感激这不能直接回答你的问题,但是ensembl模式被分成了不同的种类,请看


你画了什么:感谢谷歌的搜索建议1)Ensembl网页代码可能有用,但需要我自己编写包装。2) PyEnsemble不适合我,因为它构建本地sqlite数据库,而不是直接查询服务器3)PyCogent是Python2,而我的项目是Python3 4)Perl API。。。啊。。。
import pymysql

db = pymysql.connect("ensembldb.ensembl.org","anonymous","","homo_sapiens_core_95_38" )
cursor = db.cursor()
cursor.execute("select * from gene limit 200;")
myresults = cursor.fetchall()
for x in myresults:
    print(*x)
cursor.close()
db.close()