Python .h5文件在写入过程中磁盘空间不足后无法读取

我正在用一个相当长的过程迭代地构建一个h5文件，但是磁盘空间用完了，我没有意识到这一点。 下面是我现在尝试读取文件内容时发生的情况：

>>> import h5py
>>> f = h5py.File('[...].h5','r')
>>> f['imgpath'][0]
Traceback (most recent call last):
  File "<stdin>", line 1, in <module>
  File "h5py/_objects.pyx", line 54, in h5py._objects.with_phil.wrapper
  File "h5py/_objects.pyx", line 55, in h5py._objects.with_phil.wrapper
  File "/home/[...]/anaconda3/envs/[...]/lib/python3.7/site-packages/h5py/_hl/dataset.py", line 496, in __getitem__
    self.id.read(mspace, fspace, arr, mtype, dxpl=self._dxpl)
  File "h5py/_objects.pyx", line 54, in h5py._objects.with_phil.wrapper
  File "h5py/_objects.pyx", line 55, in h5py._objects.with_phil.wrapper
  File "h5py/h5d.pyx", line 181, in h5py.h5d.DatasetID.read
  File "h5py/_proxy.pyx", line 130, in h5py._proxy.dset_rw
  File "h5py/_proxy.pyx", line 84, in h5py._proxy.H5PY_H5Dread
OSError: Can't read data (addr overflow, addr = 97708321636, size = 2096, eoa = 12745416)
>>> list(f.keys())
['aligned', 'imgpath', 'transform', 'landmarks']

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有什么办法可以从中恢复过来吗？（请注意，我的操作系统还认为该文件的大小为13M，而不是我预期的大小：~100G）

如果在创建文件时磁盘空间不足，则不会告诉文件的状态。可能它没有正确关闭并且已损坏。尝试使用命令行工具之一来查询文件。其中包括来自HDF组的

h5dump

，或来自PyTables的

ptdump

。您也可以尝试使用HDF组中的

HDFView

或

h5repack

打开。如果文件损坏，这些操作也将失败。

h5dump

的输出为：

h5dump错误：内部错误（文件h5dump.c:第1493行）

。我认为数据无法恢复？这是我的解释。当创建文件时磁盘空间不足时，很难正确关闭文件。如果库可以将文件保持在上一次成功刷新的状态，而不是破坏所有内容，那就更好了。如果创建文件时磁盘空间不足，则无法告知文件的状态。可能它没有正确关闭并且已损坏。尝试使用命令行工具之一来查询文件。其中包括来自HDF组的

h5dump

，或来自PyTables的

ptdump

。您也可以尝试使用HDF组中的

HDFView

或

h5repack

打开。如果文件损坏，这些操作也将失败。

h5dump

的输出为：

h5dump错误：内部错误（文件h5dump.c:第1493行）

。我认为数据无法恢复？这是我的解释。创建文件时，如果磁盘空间不足，则很难正确关闭文件。如果库可以将文件保持在上次成功刷新的状态，而不是破坏所有内容，那就更好了。

$ conda list h5py
# packages in environment at /home/[...]/anaconda3/envs/[...]:
#
# Name                    Version                   Build  Channel
h5py                      2.8.0            py37h989c5e5_3