Python 如何仅获取ROI中的像素？

我正在尝试编写脚本，到目前为止，我有一个函数可以返回通过阈值化得到的ROI

PA.setRoiManager(roim)
paOpt = PA.CLEAR_WORKSHEET +PA.SHOW_NONE +PA.INCLUDE_HOLES +PA.EXCLUDE_EDGE_PARTICLES + PA.ADD_TO_MANAGER 
# measurement options: clear the results, show nothing, include holes, exclude particles on edges and add ROIs to manager
measOpt = PA.AREA + PA.MEAN + PA.MIN_MAX # measure the minimum, maximum, mean and area of particles          
pa = PA(paOpt, measOpt, rt, minSize, maxSize)
pa.analyze(imp)
roi_list = roim.getRoisAsArray()
print roi_list[0] 

这将向控制台提供一个输出：Roi[tracked，x=，y=，width=，height=] 因此，我有信心找到投资回报率。roim是RoiManager的一个实例

现在的问题是当我去看ROI中的像素时

def pixelStats(roiPatch, imp):
  '''
  get the pixel value distribution for the patch ROI 
  return the number of Lo pixels and the number of Ld pixels 
  roi_Patch returns handle to the patch ROI and imp is the 
  instance of current ImagePlus to be measured
  '''
  mask = roiPatch.getMask() # mask of roiPatch, do you need this?
  ip = imp.getProcessor() 
  ip.setRoi(roiPatch)
  cal = imp.getCalibration()
  # options = IS.MEAN | IS.STD_DEV | IS.MODE
  stats = IS.getStatistics(ip, M.MEAN | M.MODE | M.STD_DEV, cal) # what does getCalibration do??? stats for ROI only applied to imp, why?
  # see the following --> http://fiji.sc/Jython_Scripting#Obtain.2FView_histogram_and_measurements_from_an_image
  domThreshold = stats.mode - stats.STD_DEV 
  backGround = stats.MEAN - stats.STD_DEV 
  # define the threshold for Lo/Ld phase 
  pixels = ip.getPixels() 
  above = filter(lambda i: pixels[i] > backGround, xrange(len(pixels)))
  below = filter(lambda i: above[i] < domThreshold, xrange(len(above)))
  # calculate the length of the arrays containing pixels of Lo/Ld phase 
  return len(above), len(below), len(pixels)

查看返回的测量值，我确信ip.getPixels只是从原始图像处理器返回像素，而不仅仅是ROI。换句话说，我只是得到原始矩形图像中的像素数

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有人能提供这是为什么的原因吗？或者建议一种更好的方法来做同样的事情。

我熟悉Java API，但不熟悉python，所以我的答案没有经过测试

方法

ip.getPixels() 

正在执行我期望的操作并返回所有像素。有没有投资回报率并不影响这一点。您的测量考虑了ROI，因此平均值和模式是根据您设置的ROI计算的

为了解决这个问题，我将裁剪ip。应该有一个

ip.crop() 

方法，该方法将返回一个考虑了ROI的ip，然后您可以调用该ip

ip.getPixels()

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仅获取ROI中的像素

我熟悉javaapi，但不熟悉python，所以我的答案没有经过测试

方法

ip.getPixels() 

正在执行我期望的操作并返回所有像素。有没有投资回报率并不影响这一点。您的测量考虑了ROI，因此平均值和模式是根据您设置的ROI计算的

为了解决这个问题，我将裁剪ip。应该有一个

ip.crop() 

方法，该方法将返回一个考虑了ROI的ip，然后您可以调用该ip

ip.getPixels()

仅获取ROI中的像素