Python 以newick格式保存NetworkX树

我在

networkx

中创建了一个图，并得到了它的bfs树

G = nx.Graph()

# build a graph

tree = nx.bfs_tree(G, '1')

现在我想将树保存到一个文件中。做这件事最好的方法是什么？

受此启发，我做了如下事情：

import networkx as nx
import matplotlib.pyplot as plt

def recursive_search(dict, key):
    if key in dict:
        return dict[key]
    for k, v in dict.items():
        item = recursive_search(v, key)
        if item is not None:
            return item

def bfs_edge_lst(graph, n):
    return list(nx.bfs_edges(graph, n))

def load_graph(filename):
    G = nx.Graph()
    # build the graph
    return G

def tree_from_edge_lst(elst):
    tree = {'1': {}}
    for src, dst in elst:
        subt = recursive_search(tree, src)
        subt[dst] = {}
    return tree

def tree_to_newick(tree):
    items = []
    for k in tree.keys():
        s = ''
        if len(tree[k].keys()) > 0:
            subt = tree_to_newick(tree[k])
            if subt != '':
                s += '(' + subt + ')'
        s += k
        items.append(s)
    return ','.join(items)

g = load_graph('dataset.txt')
elst = bfs_edge_lst(g, '1')
tree = tree_from_edge_lst(elst)
newick = tree_to_newick(tree) + ';'

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受@hklel答案的启发，我编写了以下代码：

将networkx导入为nx
def tree_to_newick（g，root=None）：
如果root为None：
根=列表（过滤器（lambda p:p[1]==0，g.in_degree（））
断言1==len（根）
根=根[0][0]
subgs=[]
对于g[root]中的子级：
如果len（g[child]）>0：
subgs.append（tree_to_newick（g，root=child））
其他：
附加子项（子项）
返回“（“+”，“.join（subgs）+”）
树到纽维克（nx.Graph（），无）

它似乎起作用了