Python:h5py给出了OSError:Can'；t读取数据（充气（）失败），即使它'；他以前打开过

Python 3.5。我在一个目录中有几百个.mat文件（版本7.3）。我正在遍历所有这些数据以提取数据的两个不同部分。我循环得到第一批数据，没有任何问题，但当我再次做完全相同的事情时，只提取了数据的不同部分，我得到以下错误：

Traceback (most recent call last):
  File "v73_test.py", line 43, in <module>
    mrfs_data = extract.convert1simProteinComCountsIntoDataFrame(path2mats)
  File "/home/oli/Downloads/PhD/wc/mg/version_73_stuff/functions_for_joshuas_matFiles/extract_matFile_data_v73.py", line 586, in convert1simProteinComCountsIntoDataFrame
    raw_data = getMatureProteinComplexs(path2mats, state_no)
  File "/home/oli/Downloads/PhD/wc/mg/version_73_stuff/functions_for_joshuas_matFiles/extract_matFile_data_v73.py", line 53, in getMatureProteinComplexs
    if len(np.array(state_file['ProteinComplex']['counts']).shape) == 3:
  File "h5py/_objects.pyx", line 54, in h5py._objects.with_phil.wrapper
  File "h5py/_objects.pyx", line 55, in h5py._objects.with_phil.wrapper
  File "/home/oli/virtualenvs/standard_python3.5/lib/python3.5/site-packages/h5py/_hl/dataset.py", line 696, in __array__
    self.read_direct(arr)
  File "/home/oli/virtualenvs/standard_python3.5/lib/python3.5/site-packages/h5py/_hl/dataset.py", line 657, in read_direct
    self.id.read(mspace, fspace, dest, dxpl=self._dxpl)
  File "h5py/_objects.pyx", line 54, in h5py._objects.with_phil.wrapper
  File "h5py/_objects.pyx", line 55, in h5py._objects.with_phil.wrapper
  File "h5py/h5d.pyx", line 181, in h5py.h5d.DatasetID.read
  File "h5py/_proxy.pyx", line 130, in h5py._proxy.dset_rw
  File "h5py/_proxy.pyx", line 84, in h5py._proxy.H5PY_H5Dread
OSError: Can't read data (inflate() failed)

回溯（最近一次呼叫最后一次）：
文件“v73_test.py”，第43行，在
mrfs_data=extract.convert1将IMCOUNTMCOUNTSINTODataFrame（路径2Mats）
文件“/home/oli/Downloads/PhD/wc/mg/version_73_stuff/functions_joshuas_matFiles/extract_matFile_data_v73.py”，第586行，在convert1simProteinComCountsIntoDataFrame中
原始数据=GetMatureProteIncomplex（路径2Mats，状态编号）
文件“/home/oli/Downloads/PhD/wc/mg/version_73_stuff/functions_joshuas_matFiles/extract_matFile_data_v73.py”，第53行，在GetMatureProtectionComplex中
如果len（np.array（state_file['ProteinComplex']['counts']）.shape）=3：
文件“h5py/_objects.pyx”，第54行，在h5py._objects.with_phil.wrapper中
文件“h5py/_objects.pyx”，第55行，在h5py._objects.with_phil.wrapper中
文件“/home/oli/virtualenvs/standard_python3.5/lib/python3.5/site packages/h5py/_hl/dataset.py”，第696行，在uuu数组中__
自读直接（arr）
文件“/home/oli/virtualenvs/standard_python3.5/lib/python3.5/site packages/h5py/_hl/dataset.py”，第657行，直接读取
self.id.read（mspace、fspace、dest、dxpl=self.\u dxpl）
文件“h5py/_objects.pyx”，第54行，在h5py._objects.with_phil.wrapper中
文件“h5py/_objects.pyx”，第55行，在h5py._objects.with_phil.wrapper中
文件“h5py/h5d.pyx”，第181行，位于h5py.h5d.DatasetID.read中
文件“h5py/_proxy.pyx”，第130行，在h5py._proxy.dset_rw中
文件“h5py/_proxy.pyx”，第84行，在h5py._proxy.h5py_h5py中
OSError:无法读取数据（充气（）失败）

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因此，文件确实存在并且可以访问，所以我唯一能想到的是数据已损坏，但如果是这种情况，我肯定无法从中提取任何数据？

我在这里回答了我自己的问题，因为网络上没有太多关于此错误的信息，我学到了一些东西，因此可能它会帮助某些人否则

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因此，我意识到数据实际上已经损坏。我认为如果一个文件被破坏了，那么你将能够从中提取任何东西，但事实证明，在这种情况下，这不是真的，你唯一不能访问的是被破坏的特定位。根据对其他版本的.mat文件的经验，这并不是我所期望的，但现在我想到了这个版本实际上是什么，这似乎有点明显。

Python3.6。我遇到了类似的问题，因此我可以读取输出数据（2D SHETRAN水文模型中给定网格单元的数据），例如，直到第24个时间步：

 f['VARIABLES']['  6 srf_dep']['value'][0,0,24]

 Out[272]: -1.0

但是到了第240个时间步，我得到了同样的错误：

['VARIABLES']['  6 srf_dep']['value'][0,0,240]


 Traceback (most recent call last):

  File "<ipython-input-273-1f12011309c3>", line 1, in <module>
    f['VARIABLES']['  6 srf_dep']['value'][0,0,240]

  File "h5py\_objects.pyx", line 54, in h5py._objects.with_phil.wrapper

  File "h5py\_objects.pyx", line 55, in h5py._objects.with_phil.wrapper

  File "C:\Anaconda3\lib\site-packages\h5py\_hl\dataset.py", line 496, in __getitem__
    self.id.read(mspace, fspace, arr, mtype, dxpl=self._dxpl)

  File "h5py\_objects.pyx", line 54, in h5py._objects.with_phil.wrapper

  File "h5py\_objects.pyx", line 55, in h5py._objects.with_phil.wrapper

  File "h5py\h5d.pyx", line 181, in h5py.h5d.DatasetID.read

  File "h5py\_proxy.pyx", line 130, in h5py._proxy.dset_rw

  File "h5py\_proxy.pyx", line 84, in h5py._proxy.H5PY_H5Dread

 OSError: Can't read data (inflate() failed)

['VARIABLES']['6 srf_dep']['value'][0,0240]
回溯（最近一次呼叫最后一次）：
文件“”，第1行，在
f['VARIABLES']['6 srf_dep']['value'][0,0240]
文件“h5py\\u objects.pyx”，第54行，在h5py.\u objects.with\u phil.wrapper中
文件“h5py\\u objects.pyx”，第55行，在h5py.\u objects.with\u phil.wrapper中
文件“C:\Anaconda3\lib\site packages\h5py\\u hl\dataset.py”，第496行，在\uuu getitem中__
self.id.read（mspace、fspace、arr、mtype、dxpl=self.\u dxpl）
文件“h5py\\u objects.pyx”，第54行，在h5py.\u objects.with\u phil.wrapper中
文件“h5py\\u objects.pyx”，第55行，在h5py.\u objects.with\u phil.wrapper中
文件“h5py\h5d.pyx”，第181行，位于h5py.h5d.DatasetID.read中
文件“h5py\\u proxy.pyx”，第130行，在h5py.\u proxy.dset\u rw中
文件“h5py\\u proxy.pyx”，第84行，在h5py.\u proxy.h5py\u h5py中
OSError:无法读取数据（充气（）失败）

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我通过删除有问题的H5文件，重新打开IDE并再次运行来解决这个问题。感谢您的解决方案。

因此我意识到数据实际上已损坏。我认为如果一个文件被破坏了，那么你将能够从中提取任何东西，但事实证明，在这种情况下，这不是真的，你唯一不能访问的是被破坏的特定位。根据对其他版本的.mat文件的经验，这并不是我所期望的，但现在我想到了这个版本实际上是什么，这似乎有点明显。我是应该删除这个问题，还是应该自己回答，以防别人一开始觉得奇怪？尤其是因为互联网上没有太多关于这个错误的信息。。。