Python 使用Bio.phylo从多个树中创建共识树
我对肠杆菌基因组中的4个管家基因感兴趣 所以我有我的管家基因，我对NR做了一个爆炸，并下载了对齐的序列 我用MEGA7软件和最大似然法建立了系统发育树。Boostrap方法进行了200次迭代 我将树导出为newick文件 所以现在，我有4棵树来表达我的4个管家基因。我想创建一个我的4棵树的共识树 就我个人而言，我试图使用Bio.Phylo的共识树。 我选择了“多数共识”函数，它工作得很好。但我有个问题 我的剧本是这样的：Python 使用Bio.phylo从多个树中创建共识树,python,bioinformatics,biopython,phylogeny,Python,Bioinformatics,Biopython,Phylogeny,我对肠杆菌基因组中的4个管家基因感兴趣 所以我有我的管家基因，我对NR做了一个爆炸，并下载了对齐的序列 我用MEGA7软件和最大似然法建立了系统发育树。Boostrap方法进行了200次迭代 我将树导出为newick文件 所以现在，我有4棵树来表达我的4个管家基因。我想创建一个我的4棵树的共识树 就我个人而言，我试图使用Bio.Phylo的共识树。 我选择了“多数共识”函数，它工作得很好。但我有个问题 我的剧本是这样的： import os import sys from Bio impor
import os
import sys
from Bio import Phylo
from Bio.Phylo.Consensus import *
fichier=sys.argv[1]
fichier2=sys.argv[2]
fichier3=sys.argv[3]
fichier4=sys.argv[4]
tree1=Phylo.read(fichier, 'newick')
tree2=Phylo.read(fichier2, 'newick')
tree3=Phylo.read(fichier3, 'newick')
tree4=Phylo.read(fichier4, 'newick')
trees=tree1,tree2,tree3,tree4
majority_tree = majority_consensus(trees, 0.5)
Phylo.draw(majority_tree)
我需要Bio.Phylo的帮助。如果有人知道更多关于这个软件包的信息，那就太好了。因为你没有发布你的newick文件，让我们尝试重现你的问题，这样我们就有了一个共识树，表明共识树取决于顺序 我们从以下三棵树开始： 以newick格式表示如下：
newicks = {1: '((A,B,C),(D,(E,F)))',
2: '(((A,B),C),(D,(E,F)))',
3: '((A,B,C),(E,(D,F)))'}
from io import StringIO
from Bio import Phylo
from Bio.Phylo.Consensus import majority_consensus
from itertools import permutations
def read_newick(treedata):
handle = StringIO(treedata)
return Phylo.read(handle, "newick")
for keys in permutations(newicks.keys()):
trees = [read_newick(newicks[key]) for key in keys]
majority_tree = majority_consensus(trees, 0.5)
print('majority consensus for order: {}'.format(keys))
Phylo.draw_ascii(majority_tree)
majority consensus for order: (1, 2, 3)
________________________ A
|
________________________|________________________ B
| |
_| |________________________ C
|
| ________________________ D
|________________________|
| ________________________ E
|________________________|
|________________________ F
majority consensus for order: (1, 3, 2)
________________________ A
|
________________________|________________________ B
| |
_| |________________________ C
|
| ________________________ D
|________________________|
| ________________________ E
|________________________|
|________________________ F
majority consensus for order: (2, 1, 3)
________________________ A
|
________________________|________________________ B
| |
_| |________________________ C
|
| ________________________ D
|________________________|
| ________________________ E
|________________________|
|________________________ F
majority consensus for order: (2, 3, 1)
________________________ A
|
________________________|________________________ B
| |
_| |________________________ C
|
| ________________________ D
|________________________|
| ________________________ E
|________________________|
|________________________ F
majority consensus for order: (3, 1, 2)
________________________ A
|
________________________|________________________ B
| |
_| |________________________ C
|
| ________________________ E
|________________________|
| ________________________ D
|________________________|
|________________________ F
majority consensus for order: (3, 2, 1)
________________________ A
|
________________________|________________________ B
| |
_| |________________________ C
|
| ________________________ E
|________________________|
| ________________________ D
|________________________|
|________________________ F
因此，这是算法本身的一个限制，多数共识的任何实现都会根据第一个提供的树给出不同的顺序。由于您没有发布newick文件，让我们尝试重现您的问题，这样我们就有了一个显示共识树依赖于顺序的结果 我们从以下三棵树开始： 以newick格式表示如下：
newicks = {1: '((A,B,C),(D,(E,F)))',
2: '(((A,B),C),(D,(E,F)))',
3: '((A,B,C),(E,(D,F)))'}
from io import StringIO
from Bio import Phylo
from Bio.Phylo.Consensus import majority_consensus
from itertools import permutations
def read_newick(treedata):
handle = StringIO(treedata)
return Phylo.read(handle, "newick")
for keys in permutations(newicks.keys()):
trees = [read_newick(newicks[key]) for key in keys]
majority_tree = majority_consensus(trees, 0.5)
print('majority consensus for order: {}'.format(keys))
Phylo.draw_ascii(majority_tree)
majority consensus for order: (1, 2, 3)
________________________ A
|
________________________|________________________ B
| |
_| |________________________ C
|
| ________________________ D
|________________________|
| ________________________ E
|________________________|
|________________________ F
majority consensus for order: (1, 3, 2)
________________________ A
|
________________________|________________________ B
| |
_| |________________________ C
|
| ________________________ D
|________________________|
| ________________________ E
|________________________|
|________________________ F
majority consensus for order: (2, 1, 3)
________________________ A
|
________________________|________________________ B
| |
_| |________________________ C
|
| ________________________ D
|________________________|
| ________________________ E
|________________________|
|________________________ F
majority consensus for order: (2, 3, 1)
________________________ A
|
________________________|________________________ B
| |
_| |________________________ C
|
| ________________________ D
|________________________|
| ________________________ E
|________________________|
|________________________ F
majority consensus for order: (3, 1, 2)
________________________ A
|
________________________|________________________ B
| |
_| |________________________ C
|
| ________________________ E
|________________________|
| ________________________ D
|________________________|
|________________________ F
majority consensus for order: (3, 2, 1)
________________________ A
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________________________|________________________ B
| |
_| |________________________ C
|
| ________________________ E
|________________________|
| ________________________ D
|________________________|
|________________________ F
因此，这是算法本身的一个限制，任何多数共识的实现都会根据第一个提供的树给出不同的顺序。欢迎使用。你的英语很清楚，但你的问题不清楚。它似乎是关于生物学和你打算使用的树构建算法的细节。也许你的问题更适合这个问题。然而，如果你的问题实际上是关于编程的，你应该重新措辞：跳过关于统计和生物学的细节。提供一个可以被其他人复制的例子，例如我们缺少你的文件。清楚地说明编程问题的性质。这将增加您获得答案的机会。谢谢。BioGeek很理解我的问题。这是关于生物学的，但这是一个信息问题。谢谢你的回答：我很高兴你得到了一个满意的答案：-我现在更好地理解了你的问题，因为我阅读了答案并看到了Newick格式的插图。欢迎来到SO。你的英语很清楚，但你的问题不清楚。它似乎是关于生物学和你打算使用的树构建算法的细节。也许你的问题更适合这个问题。然而，如果你的问题实际上是关于编程的，你应该重新措辞：跳过关于统计和生物学的细节。提供一个可以被其他人复制的例子，例如我们缺少你的文件。清楚地说明编程问题的性质。这将增加您获得答案的机会。谢谢。BioGeek很理解我的问题。这是关于生物学的，但这是一个信息问题。谢谢你的回答：我很高兴你得到了一个满意的答案：-我现在更好地理解了你的问题，因为我阅读了答案并看到了Newick格式的插图。谢谢。你的例子很清楚，你也很理解我的问题。很抱歉没有发布我的数据，这是一种b
搞笑树，我不知道怎么贴。但多亏了你。你举了一个很好的例子。所以我对此无能为力。因为无论输入文件的顺序如何，我都在等待拥有相同的共识树。非常感谢您的回复：我很惊讶多数规则取决于输入顺序。如果biopyton是这种情况，这可能是算法错误。结果应该包含分支E，F，因为它存在于2/3的树中。谢谢。你的例子很清楚，你也很理解我的问题。很抱歉没有发布我的数据，这是一棵大树，我不知道如何发布。但多亏了你。你举了一个很好的例子。所以我对此无能为力。因为无论输入文件的顺序如何，我都在等待拥有相同的共识树。非常感谢您的回复：我很惊讶多数规则取决于输入顺序。如果biopyton是这种情况，这可能是算法错误。结果应该包含分支E，F，因为它存在于2/3的树中。