Matlab引擎Python-OSx Anaconda Segfault或DYLD_库_路径错误与iPython

在终端中安装matlab python包后，使用：

cd "matlabroot\extern\engines\python"
python setup.py install

试着运行它，我得到一个错误：

:~$ python
Python 2.7.10 |Anaconda 2.3.0 (x86_64)| (default, May 28 2015, 17:04:42) 
[GCC 4.2.1 (Apple Inc. build 5577)] on darwin
Type "help", "copyright", "credits" or "license" for more information.
Anaconda is brought to you by Continuum Analytics.
Please check out: http://continuum.io/thanks and https://binstar.org
>>> import matlab.engine
Segmentation fault: 11

但是，我可以通过设置DYLD_LIBRARY_路径来解决这个问题，matlab.engine在该路径下工作：

:~$ export DYLD_LIBRARY_PATH=/System/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/Current/lib:$DYLD_LIBRARY_PATH
:~$ python
Python 2.7.6 (default, Sep  9 2014, 15:04:36) 
[GCC 4.2.1 Compatible Apple LLVM 6.0 (clang-600.0.39)] on darwin
Type "help", "copyright", "credits" or "license" for more information.
>>> import matlab.engine
>>> eng = matlab.engine.start_matlab()
>>> exit()

但是，当我尝试在之后启动iPython时，会出现以下错误：

Traceback (most recent call last):
  File "//anaconda/bin/ipython", line 4, in <module>
    from IPython import start_ipython
  File "//anaconda/lib/python2.7/site-packages/IPython/__init__.py", line 45, in <module>
    from .config.loader import Config
  File "//anaconda/lib/python2.7/site-packages/IPython/config/__init__.py", line 6, in <module>
    from .application import *
  File "//anaconda/lib/python2.7/site-packages/IPython/config/application.py", line 19, in <module>
    from IPython.config.configurable import SingletonConfigurable
  File "//anaconda/lib/python2.7/site-packages/IPython/config/configurable.py", line 12, in <module>
    from .loader import Config, LazyConfigValue
  File "//anaconda/lib/python2.7/site-packages/IPython/config/loader.py", line 16, in <module>
    from IPython.utils.path import filefind, get_ipython_dir
  File "//anaconda/lib/python2.7/site-packages/IPython/utils/path.py", line 14, in <module>
    import tempfile
  File "//anaconda/lib/python2.7/tempfile.py", line 32, in <module>
    import io as _io
  File "//anaconda/lib/python2.7/io.py", line 51, in <module>
    import _io
ImportError: dlopen(//anaconda/lib/python2.7/lib-dynload/_io.so, 2): Symbol not found: __PyErr_ReplaceException
  Referenced from: //anaconda/lib/python2.7/lib-dynload/_io.so
  Expected in: dynamic lookup

回溯（最近一次呼叫最后一次）：
文件“//anaconda/bin/ipython”，第4行，在
从IPython导入开始\u IPython
文件“//anaconda/lib/python2.7/site packages/IPython/_init__.py”，第45行，在
从.config.loader导入配置
文件“//anaconda/lib/python2.7/site packages/IPython/config/_init__.py”，第6行，在
从.应用程序导入*
文件“//anaconda/lib/python2.7/site packages/IPython/config/application.py”，第19行，在
从IPython.config.configurable导入SingletonConfigurable
文件“//anaconda/lib/python2.7/site packages/IPython/config/configurable.py”，第12行，在
从.loader导入配置，LazyConfigValue
文件“//anaconda/lib/python2.7/site packages/IPython/config/loader.py”，第16行，在
从IPython.utils.path导入文件find，获取\u IPython\u dir
文件“//anaconda/lib/python2.7/site packages/IPython/utils/path.py”，第14行，在
导入临时文件
文件“//anaconda/lib/python2.7/tempfile.py”，第32行，在
将io作为_io导入
文件“//anaconda/lib/python2.7/io.py”，第51行，在
导入
ImportError:dlopen（//anaconda/lib/python2.7/lib-dynload//\u io.so，2）：未找到符号：\u PyErr\u ReplaceException
参考自：//anaconda/lib/python2.7/lib-dynload//u io.so
应为：动态查找

正如您所看到的，python版本是不同的。我认为这是我的系统Python和Anaconda之间的冲突，但我不确定如何修复它，非常感谢任何帮助。

---

谢谢。

您需要使用conda命令行安装实用程序而不是python来安装库

conda help search

和

conda help install

应该可以帮助您进行操作。

这不是一个直接的解决方案，但我遇到了相同的问题，并使用了此解决方法。我应该说，我终于让

matlab.engine

在我的Python环境中运行了，但它真的很糟糕。它无法在其他文件夹中运行嵌入脚本的脚本，而且我还体验到它找不到一些内置函数。下面是为Unix机器实现的，但我相信，要使其在Windows中工作，不需要太多修改

以下是我所做的：

编写了一个主Matlab脚本，可以从Matlab中完成我所需要的一切

通过Python中的子进程运行该脚本

在我的例子中，我需要对矩阵X和返回矩阵S执行一系列矩阵运算。矩阵运算需要使用特定的Matlab函数。我的第一个想法是用

Matlab.engine

打开一个Matlab会话，然后在Python中管理矩阵操作，只在需要时调用Matlab函数。相反（如项目符号所述），我编写了一个Matlab函数

ComputeSimilarityMat

，它接受X，执行所有必要的操作，并返回S。然后，我基本上只是使用一个子流程从Python运行那个Matlab函数

这就是通过子流程管理Matlab脚本的Python脚本的样子：

import subprocess
import numpy as np

def run_matlab(X):
    """Produce trait-similarity matrix S from a trait-space matrix X

    Parameters
    ----------
    X : numpy.ndarray

    Returns
    -------
    S : numpy.ndarray
    """

    # Dump input in .csv, so Matlab can load it
    np.savetxt('X.csv', X, delimiter=",")

    # Code executed in Matlab. Important to end with quit;
    matlab_code = "X=csvread('X.csv');" \
                  "S=ComputeSimilarityMat(X);" \
                  "csvwrite('S.csv',S);" \
                  "quit;"

    # -nosplash suppresses the splash window on startup
    matlab_call = ["matlab", "-nodesktop", "-nosplash", "-r", matlab_code]
    subprocess.call(matlab_call)

    # Load the .csv file that Matlab dumps after finishing
    S = np.genfromtxt('X.csv', delimiter=",")

    return S

我必须说，我相信有一种更好的方法可以将对象传递到Matlab，然后像这样保存和加载，但它对我很有效。仍然希望matlab.engine的改进，但在此之前，我将采用这种方法

注意：要从命令行/子流程运行Matlab，需要将Matlab bin文件夹添加到PATH变量中，如下所示：

export PATH="/Applications/MATLAB_R2015a.app/bin:$PATH"

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我只是把它放在我的.profile文件中。

在我的例子中，将东西添加到LD_LIBRARY_PATH（Ubuntu版本的DYLD_LIBRARY_PATH）只会让事情变得更糟。相反，我必须确保它没有引用Python安装，而是添加了一个来自/usr/lib的符号链接。请参见

进一步的解释：在命令行上使用python可能会激活内置的OSX python。我遇到了类似的问题-您找到解决方案了吗？我找到了一个类似的问题-还没有尝试过。我会查出来的谢谢！没有，没有找到解决方案，所以如果它真的有效，请让我知道！我当时正为此头痛不已，因为即使在设置了DYLD_LIBRARY_路径之后，它也不起作用。问题是我使用的是iPython，而不是普通的Python（2.7），所以一旦我使用了matlab.engine，它实际上就工作了。然而，后来出现的一个问题是matlab.engine的性能不是很好。如果嵌套函数位于另一个文件夹中，则使用嵌套函数调用函数无效，并且无法找到某些内置函数。现在，我刚刚编写了一个matlab脚本，它完成了我从matlab中需要的功能，我用Pyhton的一个子进程来运行它。