Python 删除被遮挡的散点图点

对于矢量后端（pdf、eps），在文件大小和渲染时间方面，使用完全被其他点遮挡的点是浪费时间的。如何删除这些标记？

这是一个几乎不公平的问题，因为这将取决于标记大小与实际坐标的关系

在任何情况下，也许半个解决方案就可以了。我认为，如果你计算所有点之间的距离，当一对在给定公差下时，你只使用其中一个点（而不是两个点）。这并不完美，但可能会证明它很有用。使用此想法的快速测试（我希望我的距离逻辑正确）：

这意味着15000年可节省约2000点。如果仔细观察，您会发现这并不完美，但我确信

tol

参数中的一点校准可以显著改善绘图

import matplotlib.pyplot as plt
import scipy

x = np.random.normal(0,1,15000)
y = np.random.normal(0,1,15000)
tol = 0.01

xy = np.hstack((x[:,np.newaxis],y[:,np.newaxis]))
d = scipy.spatial.distance.cdist(xy,xy)
b = np.ones(x.shape,dtype='bool')
for i in range(d.shape[0]-1):
    if d[i,i+1:].min() < tol and b[i]:
        b[i+1+d[i,i+1:].argmin()] = False

x2 = x[b]
y2 = y[b]

f, (ax1, ax2) = plt.subplots(1, 2)

ax1.scatter(x,y,s=90)
ax1.set_xlim(-6,6)
ax1.set_ylim(-6,6)
ax2.scatter(x2,y2,s=90)
ax2.set_xlim(-6,6)
ax2.set_ylim(-6,6)

print('Before: ', x.shape,'\nNow: ',x2.shape)
plt.show()

Before:  (15000,) 
Now:  (13004,)