Python 警告***HDF5库版本不匹配错误***

我正在使用pandas/python以HDFStore格式保存数据帧。当我应用my_data_frame.to_hdf（arguments…）命令时，我会收到一条错误消息：警告***HDF5库版本不匹配错误***我的程序已停止

我正在使用Python3.5.2:：Anaconda4.1.1（64位）在Windows7（64位）上工作

我一直在读关于这个错误消息，它说这是我的计算机上安装的HDF5版本和Anacondas使用的版本之间的问题。根据post，一个简单的“conda安装-c anaconda hdf5=1.8.18”可以解决我的问题，但我仍然有相同的消息错误

谢谢你们的帮助

在这里，我放置了一个完整的错误日志：

Warning! ***HDF5 library version mismatched error*** The HDF5 header files used to compile this application do not match the version used by the HDF5 library to which this application is linked. Data corruption or segmentation faults may occur if the application continues. This can happen when an application was compiled by one version of HDF5 but linked with a different version of static or shared HDF5 library. You should recompile the application or check your shared library related settings such as 'LD_LIBRARY_PATH'. You can, at your own risk, disable this warning by setting the environment variable 'HDF5_DISABLE_VERSION_CHECK' to a value of '1'. Setting it to 2 or higher will suppress the warning messages totally. Headers are 1.8.15, library is 1.8.18 SUMMARY OF THE HDF5 CONFIGURATION ================================= General Information: ------------------- HDF5 Version: 1.8.18 Configured on: 2017-05-31 Configured by: NMake Makefiles Configure mode: CMAKE 3.8.0 Host system: Windows-6.3.9600 Uname information: Windows Byte sex: little-endian Libraries: Installation point: C:/bld/hdf5_1496269860661/_b_env/Library Compiling Options: ------------------ Compilation Mode: RELEASE C Compiler: C:/Program Files (x86)/Microsoft Visual Studio 14.0/VC/bin/amd64/cl.exe CFLAGS: /DWIN32 /D_WINDOWS /W3 H5_CFLAGS: AM_CFLAGS: CPPFLAGS: H5_CPPFLAGS: AM_CPPFLAGS: Shared C Library: YES Static C Library: YES Statically Linked Executables: OFF LDFLAGS: /machine:x64 AM_LDFLAGS: Extra libraries: C:/bld/hdf5_1496269860661/_b_env/Library/lib/z. lib Archiver: Ranlib: Debugged Packages: API Tracing: OFF Languages: ---------- Fortran: OFF Fortran Compiler: Fortran 2003 Compiler: Fortran Flags: H5 Fortran Flags: AM Fortran Flags: Shared Fortran Library: YES Static Fortran Library: YES C++: ON C++ Compiler: C:/Program Files (x86)/Microsoft Visual Studio 14.0/VC/bin/amd64/cl.exe C++ Flags: /DWIN32 /D_WINDOWS /W3 /GR /EHsc H5 C++ Flags: AM C++ Flags: Shared C++ Library: YES Static C++ Library: YES Features: --------- Parallel HDF5: OFF High Level library: ON Threadsafety: ON Default API Mapping: v18 With Deprecated Public Symbols: ON I/O filters (external): DEFLATE MPE: Direct VFD: dmalloc: Clear file buffers before write: ON Using memory checker: OFF Function Stack Tracing: OFF Strict File Format Checks: OFF Optimization Instrumentation: 警告***HDF5库版本不匹配错误*** 用于编译此应用程序的HDF5头文件不匹配 此应用程序链接到的HDF5库使用的版本。 如果应用程序继续运行，可能会发生数据损坏或分段错误。 当应用程序由一个版本的HDF5编译，但 链接到不同版本的静态或共享HDF5库。 您应该重新编译应用程序或检查与共享库相关的 设置，如“LD\u库\u路径”。 您可以通过设置环境来禁用此警告，风险由您自己承担 变量“HDF5\u DISABLE\u VERSION\u CHECK”的值为“1”。 将其设置为2或更高将完全抑制警告消息。 标题为1.8.15，库为1.8.18 HDF5配置摘要 ================================= 一般资料： ------------------- HDF5版本：1.8.18 配置日期：2017-05-31 配置人：NMake Makefiles 配置模式：CMAKE 3.8.0 主机系统：Windows-6.3.9600 Uname信息：Windows 字节性别：小endian 图书馆： 安装点：C:/bld/hdf5_1496269860661/_b_env/Library 编译选项： ------------------ 编译方式：发布 C编译器：C:/ProgramFiles（x86）/Microsoft Visual Studio 14.0/VC/bin/amd64/cl.exe CFLAGS:/DWIN32/D_WINDOWS/W3 H5_CFLAGS： 上午: CPPSflags： H5_标志： 上午十时 共享C库：是 静态C库：是的 静态链接的可执行文件：关闭 LDFLAGS:/machine:x64 上午十时三十分： 额外库：C:/bld/hdf5_1496269860661/_b_env/Library/lib/z。 解放党 档案管理员： 兰利布： 调试包： API跟踪：关闭 语言： ---------- Fortran:关 Fortran编译器： Fortran 2003编译器： Fortran标志： H5 Fortran标志： AM Fortran标志： 共享Fortran库：是 静态Fortran库：是 C++：打开 C++编译器：C//程序文件（x86）/微软Visual Studio 14.0/VC/bin/amd64/cl.exe C++标志：/dWi32／dyWindows／W3/GR/EHSC H5C++标志： AM C++标志： 共享C++库：是的 静态C++库：是的 特征： --------- 并行HDF5：关闭 高级图书馆 线程安全：打开 默认API映射：v18 使用不推荐的公共符号：打开 I/O过滤器（外部）：放气 MPE： 直接变频调速： dmalloc： 写入前清除文件缓冲区：打开 使用内存检查器：关闭 函数堆栈跟踪：关闭 严格文件格式检查：关闭 优化仪器： 然后，错误信息显示您需要安装

1.8.15

版本

conda install -c anaconda hdf5=1.8.15

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如果有人遇到这个问题，并且用

pip

或

conda

或任何东西卸载都不起作用：我通过每个

/lib

路径手动删除

libhdf5*

文件，然后用

macports

安装

hdf5

尝试卸载h5py模块并重新安装。这个给我修好了

pip卸载h5py

pip安装h5py

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对我来说，在macOS上唯一有效的步骤就是创建一个virtualenv：

virtualenv -p python3 myenv
. myenv/bin/activate
pip3 install h5py==1.10.4 # or whichever version you want

绝对没有别的办法

您可能需要

brew安装hdf5

github问题没有帮助：

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您可以强制自定义安装特定软件包版本：

conda install --force-reinstall anaconda hdf5==1.8.15

或

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由于某些原因，使用conda卸载然后再次使用conda安装hdf5不起作用。但是，如果您使用pip卸载，然后使用conda安装hdf5，则它可以正常工作

因此，请尝试：

pip uninstall hdf5
conda install hdf5

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我尝试了这里的每一种方法，但只有其他方法完全有效-

conda install -c conda-forge hdf5=1.10.5 # newer system version
conda install -c conda-forge hdf5=1.8.18 # for this particular problem

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这将通过升级或降级强制安装hdf5。这反过来会卸载keras，当您重新安装升级hdf5的keras时。

我的案例很简单，不需要任何安装：我使用

cmd

从

conda

环境启动了

spyder

和

IPython

控制台：

activate env
spyder

然后我升级了

envhdf5

conda install -c conda-forge hdf5=1.10.5 # newer system version
conda install -c conda-forge hdf5=1.8.18 # for this particular problem

activate env
spyder