如何在python中向管段传递多个输入？

我正在构建一个数据管道，将原始文件处理成二进制文件。文件很大，而且有多个步骤，因此尽可能避免写入磁盘是有利的。获取一个子流程的输出并将其作为另一个子流程的输入很容易，但是如何处理需要多个输入文件的子流程呢？特别是：

我有两个进程对两个文件A和B执行操作，它们输出文件A'和B'。下一个命令使用以下shell语法

bwa sampe referencefile A' B' A B

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需要五个文件。如果将A'和B'写入磁盘，则可以使用

shell=True

轻松完成此操作，但这正是我想要避免的。如何实现stdout->stdin关系以避免写入磁盘，并保持正确的顺序？

'namedpipe'：bash命令是否适用于python

bwa sampe referencefile <(bwa aln ref fastq1)  <(bwa aln ref fastq2) fastq1 fastq2

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bwa-sampe-referencefile如果使用bwa对齐成对的末端读取，则输入是一致的fasta、两个索引文件和两个fasta文件，输出应该是一个.sam文件。你为什么不想要.sam文件？是否要将其直接转换为.bam？您是否试图在不写入磁盘的情况下从reads->.sam->.bam->sorted.bam执行操作？编辑：因此您有两个进程为fasta文件（A，B）编制索引，它们生成A'，B'。然后您希望与BWA对齐以生成一个.sam文件。为什么不想将索引保存到文件中？您可以始终将它们存储在
tempfile.NamedTemporaryFile
s中，在脚本退出时将其清除。是否要将.sam文件存储到磁盘？另外，为什么不使用
bwa mem ref.fain1.fain2.fa>aln pe.sam
？它删除了索引步骤，在内存中创建它们，这实际上就是您正在做的。您可能需要更新您的BWA。非常感谢，我不知道tempfile和mem解决方案。我两个都试过了，效果都很好