python中大矩阵的稀疏表示

我正试图用python绘制相关的的邻接矩阵。结果应该是这样的。我的第一次尝试是使用密集表示，如下所示：

import matplotlib.pyplot as plt
import re

n=685230
matrix = [[0 for i in range(0,n)] for j in range(0,n)]

with open("web-BerkStan.txt", "r") as infile:
    for line in infile:
        li=line.strip()
        if not li.startswith("#"):
            i,j = re.split(r'\t+', li)
            matrix[int(i)][int(j)] = 1


f = plt.figure()

plt.imshow(matrix, cmap='binary', interpolation='nearest')
plt.show()

f.savefig('graph.pdf', bbox_inches='tight')

该代码适用于，例如，

n=10

，但考虑到

n=685230

，该代码不适用于我正在考虑的web图形的大小

或者，我尝试用坐标格式替换密集表示：

matrix = []
with open("web-BerkStan.txt", "r") as infile:
    for line in infile:
        li=line.strip()
        if not li.startswith("#"):
            i,j = re.split(r'\t+', li)
            matrix.append([int(i),int(j)])

---

其中

矩阵

现在是一个边缘列表。如何将边缘列表绘制为稀疏矩阵？

您是否尝试过使用

networkx

python包？相关。是的，我一直在尝试遵循这一点，但我不清楚如何在

networkx

中从边缘列表开始定义图形。此外，在指南中，他们似乎明确定义了一个邻接矩阵，它可能太大而无法存储。