Python中按列表元素过滤csv内容_Python_Csv_Filter

Python中按列表元素过滤csv内容

python csv filter

Python中按列表元素过滤csv内容,python,csv,filter,Python,Csv,Filter,我陷入了从一段简单的Python代码中获得正确结果的困境（无论如何，我是Python初学者）。给定一个csv输入文件（ListInput.csv）： pKT，pET，pUT 以及另一个csv文件，其中包含许多这些元素的功能（Table.csv）：。。。。。。。。。。。。等等我的目标是基于第一个csv文件元素进行选择，以便将csv文件作为输出（WorkingList.txt），在这种情况下，预期结果将是： pKT,12,GCATACAGGAC,349,, pET,87,GTGACGGTA,5

我陷入了从一段简单的Python代码中获得正确结果的困境（无论如何，我是Python初学者）。给定一个csv输入文件（ListInput.csv）： pKT，pET，pUT

以及另一个csv文件，其中包含许多这些元素的功能（Table.csv）：

。。。。。。。。。。。。等等

我的目标是基于第一个csv文件元素进行选择，以便将csv文件作为输出（WorkingList.txt），在这种情况下，预期结果将是：

pKT,12,GCATACAGGAC,349,,
pET,87,GTGACGGTA,506,PPMK,
pUT,54,CCATGTACCTAT,187,PRPTP,

我编写了下面的脚本，它不会给出错误，但最终以一个空文件作为输出。我试着去理解为什么几天来都没有成功。非常感谢您的帮助

#!/usr/bin/python
import csv

v = open('ListInput.csv', 'rt')
csv_v = csv.reader(v)

vt = open('Table.csv', 'rt')
csv_vt = csv.reader(vt)

with open("WorkingList.txt", "a+t") as myfile:
    pass


for el in csv_v:
    for var in csv_vt:
        if el == var[0]:
            myfile.write(var)

myfile.close()

第一个问题：

您在第一次迭代时使用输入csv迭代器

csv\u vt

。您需要执行以下操作：

vt.seek(0)

为内部循环倒带文件。这留下了一个

O（n^2）

搜索算法，但至少它是有效的

第二个问题：

您正在使用块打开和关闭

my_文件

。当您到达

for

循环时，

我的_文件

已经关闭，因为您退出了

with

块（这是

with

块的保证）

在尝试写入输出时，您是否遇到了与“关闭文件上的操作”交叉的第一个问题

我将用块重写

中的最后一部分，并删除close（）

第三个问题
不能将列表写入文件，必须先创建csv.writer
对象
总之，您可以通过以下代码解决所有问题以及性能问题：
#!/usr/bin/python
import csv

v = open('ListInput.csv', 'rt')
csv_v = csv.reader(v)

with open('Table.csv', 'rt') as vt:
    csv_vt = csv.reader(vt)
    # create a dictionary to speed up lookup
    # read the table only once
    vdict = {var[0]:var for var in csv_vt}

with open("WorkingList.txt", newline="") as myfile:  # for Python 3.x
## with open("WorkingList.txt", "wb") as myfile:  # for Python 2
    cw = csv.writer(myfile)
    for el in csv_v:
        if el[0] in vdict:
            cw.writerow(vdict[el])

v.close()

vdict
是替换内部循环的查找表（仅当“键”是唯一的时有效，这似乎是给定输入样本的情况）
第一个问题：
您在第一次迭代时使用输入csv迭代器csv\u vt
。您需要执行以下操作：
vt.seek(0)

为内部循环倒带文件。这留下了一个O（n^2）
搜索算法，但至少它是有效的
第二个问题：
您正在使用

块打开和关闭

my_文件