Python Snakemake：如何在config.yml文件中保存和访问示例详细信息？

有谁能帮助我理解，当样本名称未写入snakemake工作流时，是否可以从config.yml文件访问样本详细信息？这样我就可以对不同的项目重复使用工作流，并且只调整配置文件。让我举个例子：

我有四个样本属于同一类，应该一起分析。它们被称为样本1-4。每个示例都附带了一些更多的信息，但为了保持简单，让我们假设它只是一个名称标签，如S1、S2等

我的config.yml文件可能如下所示：

samples: ["sample1","sample2","sample3","sample4"]

sample1:
  tag: "S1"
sample2:
  tag: "S2"
sample3:
  tag: "S3"
sample4:
  tag: "S4"

下面是我们使用的snakefile的一个示例：

configfile: "config.yaml"

rule final: 
  input: expand("{sample}.txt", sample=config["samples"])

rule rule1:
  output:  "{sample}.txt"
  params:  tag=config["{sample}"]["tag"]
  shell:   """
           touch {output}
           echo {params.tag} > {output}

rule1试图做的是创建一个以每个样本命名的文件，该文件保存在配置文件的

samples

变量中。到目前为止没有问题。然后，我想将示例标记打印到该文件中。正如上面所写的代码，运行

snakemake

将失败，因为

config[“{sample}]

将在配置文件中查找不存在的

{sample}

变量，因为我需要将其替换为运行规则的当前示例，例如

sample1

有人知道这是否有可能做到，如果有，我如何做到

理想情况下，我希望进一步压缩这些信息（见下文），但这还远远不够

samples:
    sample1:
        tag: "S1"
    sample2:
        tag: "S2"
    sample3:
        tag: "S3"
    sample4:
        tag: "S4"

---

我建议使用制表符分隔的文件来存储样本信息

sample.tab：

Sample     Tag      
1          S1   
2          S2

您可以将此文件的路径存储在配置文件中，并在Snake文件中读取它

config.yaml：

sample_file: "sample.tab"

蛇形档案：

configfile: "config.yaml"

sample_file = config["sample_file"]

samples = read_table(sample_file)['Sample']
tags    = read_table(sample_file)['Tag']

这样，您就可以对任意数量的样本和任意数量的列重复使用工作流

除此之外，在Snakemake中，通常你可以通过加倍它们来避开花括号，也许你可以试试

---

祝你好运

在

params

部分，您需要提供一个

通配符的函数。对工作流的以下修改似乎有效：

configfile: "config.yaml"

rule final: 
    input: expand("{sample}.txt", sample=config["samples"])

rule rule1:
    output:
        "{sample}.txt"
    params:
        tag = lambda wildcards: config[wildcards.sample]["tag"]
    shell:
        """
        touch {output}
        echo {params.tag} > {output}
        """

是的，单独的样本表是更具伸缩性的方式。请注意，您可以通过pandas:
pd.read_table（config[“samples”]）
在一行程序中读取它。请参见示例。关于分离样本和配置信息的好观点。目前，我几乎没有任何设置保存在配置文件中，但随着我扩展工作流，我确信将这些内容分开会变得更加明显。Snakemake不会替换Snakemake文件任何部分中的大括号语句。仅在shell命令和输入/输出/参数中以普通字符串形式给出。在您的情况下，您需要编写
tag=lambda通配符：config[wildcards.sample][“tag”]
。非常好，谢谢！