Warning: file_get_contents(/data/phpspider/zhask/data//catemap/2/python/309.json): failed to open stream: No such file or directory in /data/phpspider/zhask/libs/function.php on line 167

Warning: Invalid argument supplied for foreach() in /data/phpspider/zhask/libs/tag.function.php on line 1116

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Warning: array_chunk() expects parameter 1 to be array, null given in /data/phpspider/zhask/libs/function.php on line 181
Python 将重叠DNA区域转换为变量,然后更改重叠区域的长度_Python_String_Fragmentation - Fatal编程技术网

Python 将重叠DNA区域转换为变量,然后更改重叠区域的长度

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我对Python还比较陌生,所以我非常感谢您对我的代码提供任何建设性的反馈,如果您能在我出错的情况下为我指引正确的方向,我也会非常感激

因此,我用Python设计了一个程序,它接收DNA序列,基本上是一个只包含四个字母(a、T、C和G)的字符串,并找到序列的补码。然后,它将这两个序列分成一定长度的片段,使每个片段与相邻片段重叠相同数量的字母

例如,它将接受DNA序列,比如s1,并为其补体和片段产生以下输出

s1 = "AGCCCTCCAGGACAGGCTGCATCAGAAGAGGCCATCAAGCAGGTCTGTTCCAAGGGCCTTTGCGTCAGGT"

print(dna_complement(s1))
>>>> complement = TCGGGAGGTCCTGTCCGACGTAGTCTTCTCCGGTAGTTCGTCCAGACAAGGTTCCCGGAAACGCAGTCCA
print(dna_fragment(s1, oligo_size=8, oligo_overlap=3)):
>>>> AGCCCTCC..GACAGGCT..ATCAGAAG..GCCATCAA..AGGTCTGT..CAAGGGCC..TGCGTCAGGT
     .....AGGTCCTG..CGACGTAG..TTCTCCGG..GTTCGTCC..ACAAGGTT..CGGAAACG.......
正如您在上面的示例中所看到的,dna_片段的输出是共享3个碱基对(即三个字母)的寡核苷酸重叠的两个字符串,寡核苷酸的大小至少为8个碱基对

此后,该程序尝试确定重叠区域的特定参数(Tm)值(Tm是重叠区域一半卷曲,另一半呈DNA双链形式时的温度)。现在,程序必须尝试更改重叠区域的长度,以便所有重叠区域的重叠区域的Tm必须大致相同。我已经成功地完成了前面的任务,基本上是将低聚物(片段)存储在一个列表中,并使用列表理解来查找每个低聚物的Tm;然而,我未能完成后一项任务

所以我的问题是,我如何获取重叠区域,将其存储在变量中,然后更改其长度,使其与某个Tm匹配