Python 集成pyenv virtualenv conda和ASE的最佳实践

我使用的是Linux桌面（特别是Pop_OS！20.04，类似于ubuntu）

我需要运行用于原子模拟的python包。 这可以通过多种方式安装（apt、pip、conda）。 出于我的目的，我需要使用conda安装它（尽可能与社区保持一致）。因为我不喜欢conda在bash中集成的方式，所以我决定使用pyenv作为虚拟环境管理器

因此，对于另一个问题的答案1，最好不要通过pyenv安装conda。 因此，在我简单的头脑中，我首先尝试了这个（案例A）：

我用pyenv创建了一个虚拟环境

我使用正确的pyenv安装conda

在环境中并使用conda I安装ASE

$pyenv virtualenv 3.9.0案例a
（案例a）$哪条蟒蛇
/home/fex/.pyenv/chimes/python
（案例a）$python-V
Python 3.9.0
（案例a）$bash Anaconda3-2020.07-Linux-x86_64.sh
#我没有在bashrc中包括蟒蛇
#激活conda eval“$（/home/user/anaconda3/bin/conda shell.YOUR_shell_NAME hook）”或“source/bin/activate”
#康达初始化
（baseA）$source/home/fex/anaconda3/bin/activate
（基本）（个案a）$

这种双重环境很有趣，我认为不应该发生。 但我无法用conda安装ASE。所以我给出了conda init：

（基本）（案例a）$conda init
（基本）（案例a）$source~/.bashrc
（基础）$conda安装-c conda forge/label/cf202003 ase
（基数）$ase测试
...
fio/oi.py:TypeError:对象似乎不是类似文件的对象
=========摘要==========
测试次数363
通行证：260
失败次数：0
错误：1
跳过：102
=============================
测试套件失败！
所用时间：42.3秒

据我所知，这种方法是可行的，但绕过pyenv，我最终只使用了一个conda环境，这不是我首先想要的

案例B： 这并不重要。创建环境后，我尝试使用pyenv安装conda，但无法在pyenv环境中使用它

案例C： 我用以下方法解决问题：

使用pyenv安装conda

创建一个pyenv虚拟环境，该环境依赖于conda，而不是特定版本的python

$pyenv virtualenv miniconda3.X.Y fooenv

这对我来说是可行的，但我正在使用conda中包含的python。这不是一个问题，但由于我没有完全掌握这里的全部技术细节，我想与大家分享我的疑虑

我在这里写的另一个原因是ASE是DFT（密度泛函理论）领域中非常流行的标准，而DFT是目前化学/物理领域中最流行的标准之一。然而，手册和指南的编写并没有跟上python的快速步伐

额外信息

$pyenv版本
系统
2.7.18
*3.9.0（由PYENV_版本环境变量设置）
3.9.0/envs/caseA
3.9.0/envs/caseB
3.9.0/envs/coppie
3.9.0/envs/foo
凯萨
案例B
ccase
科皮
福
miniconda3最新版本
miniconda3-latest/envs/ccase#我用pyenv-virtualenv-miniconda3-latest-ccase-ccase-case C创建了这个
$pyenv-v
pyenv 1.2.21
$whichpython
/home/fex/.pyenv/chimes/python
$python-V
Python 3.9.0
pyenv激活ccase
pyenv virtualenv：提示更改将从未来版本中删除。配置“export PYENV\u VIRTUALENV\u DISABLE\u PROMPT=1”以模拟该行为。
（ccase）$pip安装测试
（ccase）$ase测试
[...]
==================================================================================1290通过，233跳过，1失败，193.06秒（0:03:13）中有5次警告

在这个阶段，我设法用conda安装了ASE。我在pyenv环境中完成了这项工作，该环境直接调用miniconda而不是python

$pyenv virtualenv miniconda3.X.Y fooenv
$pyenv激活fooend
（fooenv）$conda安装-c conda forge/label/cf202003 ase#此安装ase
（fooenv）$pip install pytest#在此版本的ase`ase test`中不起作用
（fooenv）$ase测试#该测试比不使用pyenv的conda实现的测试更长、更完整

这看起来非常复杂和脆弱，为什么不直接使用Conda？这是一个很好的观点。主要是因为我不喜欢它与我的bash交互的方式（你也可以责怪我的技术技能），也因为在anaconda之外的应用程序中有一个环境管理器似乎更合适。我不喜欢它与我的bash交互的方式。你能详细说明一下吗？对于anaconda以外的应用程序，似乎更适合使用环境管理器。你是什么意思？我必须预测一个方面。我用FORTRAN编写的软件在HPC上进行分布式计算。具体地说，我甚至不接触那个代码，我也不太关心代码，因为我处理的是这些代码的结果，就我而言，它们可能是rand函数的结果。1.因为我在很多方面都不是康达的专家，所以在过去，我的bashrc完全被康达搞砸了（我的错）。这包括减慢终端上的任何登录速度。2.有些软件包不适用于conda，我需要在外部使用它们。我知道这些都是借口，但我在一个领域工作，许多程序都是使用旧代码完成的，这些代码既没有维护也没有更新（例如，blender的python接口将原子坐标作为3D对象导入）。3.基本上，我的一个在IT部门工作的朋友建议我使用Pyev，它工作得非常好，直到我需要conda，正如我在最初的问题中解释的那样。底线是，现在他们要求我使用一点python，尽管没有给我足够的工具或时间来正确地学习和使用它。