Python 如何使用奇点图像运行jupyter笔记本？

我已经建立了一个奇点图像（jupyter.sif），其中包含了最新的anaconda版本，我想用它来运行一个jupyter笔记本

我想运行这样的程序：

singularity exec --bind /path/outside/image/:/path/inside/image/ jupyter.sif jupyter notebook --notebook-dir=/path/to/dir --no-browser --ip=127.0.0.1

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基本上，只需启动一个普通的jupyter笔记本，它将使用singularity映像中安装的python版本和软件包。理想情况下，笔记本将读取和写入图像外部的文件（因此我指定了绑定路径）

但是，当我运行上述命令时，会出现以下错误：

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回溯（最近一次调用上次）：文件 “/opt/conda/lib/python3.7/site packages/traitlets/traitlets.py”，第行 528，在get value=obj.\u trait\u values[self.name]键错误：“runtime\u dir”

在处理上述异常期间，发生了另一个异常：

回溯（最近一次呼叫最后一次）：

文件“/opt/conda/bin/jupyter notebook”，第11行，在 sys.exit（main（））

文件 “/opt/conda/lib/python3.7/site packages/jupyter_core/application.py”， 第266行，在launch_实例中 返回super（JupyterApp，cls）。启动_实例（argv=argv，**kwargs）

文件 “/opt/conda/lib/python3.7/site packages/traitlets/config/application.py”， 第657行，在launch_实例中 应用程序初始化（argv）

文件“”，第2行，在初始化中

文件 “/opt/conda/lib/python3.7/site packages/traitlets/config/application.py”， 第87行，在catch_config_错误中 返回方法（应用程序、*args、**kwargs）

文件 “/opt/conda/lib/python3.7/site packages/notebook/notebookapp.py”，第行 1626年，美国 self.init_可配置文件（）

文件 “/opt/conda/lib/python3.7/site packages/notebook/notebookapp.py”，第行 1319，在init_可配置文件中 connection\u dir=self.runtime\u dir

文件 “/opt/conda/lib/python3.7/site packages/traitlets/traitlets.py”，第行 556，在获取 返回self.get（obj、cls）

文件 “/opt/conda/lib/python3.7/site packages/traitlets/traitlets.py”，第行 535，进站 value=self.\u验证（obj，dynamic\u default（））

文件 “/opt/conda/lib/python3.7/site packages/jupyter_core/application.py”， 第99行，运行时目录默认值 确保目录存在（rd，模式=0o700）

文件 “/opt/conda/lib/python3.7/site packages/jupyter_core/utils/init.py”， 第13行，确保目录存在 os.makedirs（路径，模式=模式）

makedirs中的文件“/opt/conda/lib/python3.7/os.py”，第211行 makedirs（head，exist\u ok=exist\u ok）

makedirs中的文件“/opt/conda/lib/python3.7/os.py”，第211行 makedirs（head，exist\u ok=exist\u ok）

makedirs中的文件“/opt/conda/lib/python3.7/os.py”，第221行 mkdir（名称、模式）

OSError:[Errno 30]只读文件系统：'/run/user'

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我假设这是因为笔记本试图在图像中写入内容，并且由于我不以sudo的方式运行图像（我不想这样做），而且我也没有指定--writable（在执行图像时可写）（也不想这样做），它抱怨无法在图像中写入内容

有没有一种方法可以“告诉”图像在我的主目录中而不是在图像中读写文件

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谢谢

我刚刚遇到了同样的问题，这似乎已经为我解决了：将/run/user inside映射到容器外部的工作目录（或您选择的目录）。对于您的情况，可能意味着：

singularity exec --bind /path/outside/image/:/path/inside/image/ --bind $PWD:/run/user jupyter.sif jupyter notebook --notebook-dir=/path/to/dir --no-browser --ip=127.0.0.1

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在我的例子中，这样运行时，会创建一个文件夹

1000

，这对奇点实例很有效，例如：

   singularity instance.start --writable --contain --bind shared:/shared sandbox/ jupyter